冒险家赤间健一在德国探险时发现了一个大洞穴，洞穴通往一座建在附近的城堡。在城堡里面，赤间救下了被一群神秘人袭击的本乡秀树博士。本乡博士是未来科学研究所的领导人，而袭击他的人隶属毁灭了数个文明的暗黑科学帝国Death Dark。 与此同时，Death Dark建造的机械岛·暗黑巨大城死亡乌托邦从海底出现，开始征服世界。本乡博士为了粉碎Death Dark的阴谋，在此前已准备组成一支战队。经过电脑的挑选，赤间健一、黑田官平、青山三郎、黄岛太、桃园美树成为大战队的队员。正与邪的较量一触即发……
近導ユウユは江端トウヤに敗れ、 チームブラックアウトの象徴ともいえる旗を燃やされてしまう。 呆然とするユウユたちの前にリーダーの桃山ダンジが戻り、 トウヤとのヴァンガードファイトに挑み、見事勝利する。 仲間たちがトウヤに罵声を浴びせる中、ダンジはチーム離脱を宣言。 さらに次のリーダーとしてトウヤを指名し、メンバーに衝撃が走る。 一方、惣川ハルカに率いられたチームデイブレイクの 名の下に旗狩りを続けるマサノリとシノブ。 そして、謎の少女・御薬袋ミレイ。 ユウユたちを待ち受けるものとは── 。
