U.C.（宇宙世纪）0079年，人类向宇宙发展并建立了多个巨大的卫星，让人类能够居住在宇宙中。卫星的居民们不堪忍受地球联邦政府对其剥削和压迫，遂宣布独立，更组建军队与地球联邦政府决一雌雄。在战争中双方先后开发了机动战士并投入战场。NEWTYPE少年阿姆罗·雷无意中驾驶上联邦军新开发的机动战士高达，卷入后来被称为“一年战争”中，并与其宿敌夏亚·阿兹纳布尔相遇。
童年时一次看电视转播的经历，在少年日向翔阳（村濑步 配音）的心中种下了排球的种子。他在初中时代是排球部的主将，可是人丁寥落的排球部始终没有起色，唯一一场比赛也以惨败告终。在此之后，他终于如愿考入梦寐以求的学府乌野高中，并加入了该校的排球部。当年翔阳在电视上看到的正是乌野 高中的比赛，如今这个学校的排球却正面临着衰败的命运。与宿命的对手和好友影山飞雄（石川界人 配音）聚首于此，心怀排球梦想的少年们将团结一心，带领着乌野这名王者再度振翅高飞…… 本片根据古馆春一的漫画原作改编。
位于东京西部的巨大“学园都市”。在总人口达230万人，其中约8成是学生的这座都市中，实施着超能力开发的特殊课程，学生们的能力被给予从“无能力Level 0”到“超能力Level 5”的六阶段评价。 高中生上条当麻，也是住在学园都市的学生之一。他由于寄宿在右手中的力量——只要是异能之力，就连神的加护都能消除的“幻想杀手（Imagine Breaker）”，而得到吊车尾的“无能力”的评价，过着充满不幸的人生。 而上条的学生生活，由于暑假开始时从天而降的纯白修女而发生了巨大的变化。自从与逃离“魔法”世界的少女——“禁书目录（茵蒂克丝）”相遇开始，上条就被卷入了各种各样的事件当中。在惊险地解决了统率学园都市的“科学”侧和与茵蒂克丝关联的“魔法”侧双方的事件过程中，他的人际关系也逐步扩展。随后，魔法侧的十字教最大宗派罗马正教，终于注意到了上条的存在……。 就像是在呼应魔法侧一样，科学侧的学园都市也开始了行动。但是，为了与突然开始对立的世界变化相抗争，那些因为上条的关系，而使命运大为改变的“英雄”们不断地出现。 就像上条当麻做过的那样，他们也挺身而出与世界对峙。 科学与魔法第三次交织之时，故事将大幅推进！！
未来，人类把住所迁移到了月球。 让居住在月球殖民地的人们为之疯狂的是“克罗诺斯公司”出品的大型娱乐生存游戏“逃走中”。 那些完成严酷任务，成功从追踪机器人——猎人手中逃脱的人，将获得高额奖金和超高人气，成为少年们憧憬的存在。 拥有超强身体能力的托姆拉飒也，命运般踏入“逃走中”世界。 被转移到前所未有的宏大舞台的飒也，一边面对来袭“猎人”的威胁和种种考验，一边与怪人聚集的逃跑者们一起，以逃脱为目标开始“认真”逃跑！
