ヒャッコクジムのジムリーダー・ゴジカに勝利し、7つ目のジムバッジを入手したサトシ達は8つ目のポケモンジムがある街・エイセツシティに向けて、旅を続けていた。その道中、一行は正体不明のポケモン「プニちゃん」を旅に連れていくのだが、「プニちゃん」は謎の集団・フレア団に狙われていた。 击败了第七道馆的道馆训练家葛吉花后，小智一行人继续以收集齐八枚徽章为目标向映雪市进发。在旅途中，他们遇到了正体不明的绿色生物“小软”（基格尔德·核心）及为其目标而行动的神秘团体“闪焰队”。
在充满音乐风情的城市－加音町成长的青梅竹马北条响和南野奏，虽然升上国中后的二人个性总是不合，但却因着相同的兴趣“音乐”而有了连结。某天响与奏正巧在旧歌剧院撞见时，音乐王国“大调岛”的精灵－哈咪出现了，为了不让“小调岛”的敌人继续将传说的乐谱中“幸福的旋律”变成“不幸的旋律”音符，所以找寻能够以“高音谱记号”变身为光之美少女的响与奏。以二人合而为一的正义之心，一齐找寻飞散到人间的旋律音符，和小调岛的敌人来场音符抢夺战！
400年前――魔法士ラナクの裏切りにより魔力を暴走させ、 魔法大国トゥルダールを一夜にして滅ぼしたティナーシャ。 その忌まわしい過去はオスカーによって改変され、 世界は“青き月の魔女”が存在することのない新たな時を刻み始めた。 ティナーシャはトゥルダールの女王に即位し、やがて長い眠りにつく。 すべての苦しみから自身を救い、愛を告げて消滅していったオスカーと 遠い未来で再び出会うために……。 そして、400年後――書き換えられた世界のオスカーがトゥルダールを訪れる。 目覚めたティナーシャとの間に、共に過ごしてきた思い出は何ひとつない。 消え去った世界で結ばれたことさえ知らぬ二人は、 ここからどんな物語を紡いでいくのか――。
