《萌鸡小队》讲述了四只萌鸡宝宝在妈妈的关爱下，与其他小动物一同快乐相处，共同成长的故事。在遥远的大森林里，有一棵美丽的大树，大树底下被弹性十足的蘑菇和争奇斗艳的花朵包围着，形成了一个宽阔的大自然游乐场，这就是萌鸡们的家。萌鸡妈妈美佳开明又热心，四只萌鸡宝宝（大哥大宇、二姐朵朵、三哥欢欢、小弟麦奇）活泼又可爱。他们互相帮助，四处探险，还结交了很多新朋友，共同描绘出一幅清新童趣的森林画卷，让小朋友们在领略大自然的奥妙的同时，也在萌鸡身上学到许多美好品质。
战国末年，内忧外患的韩国，发生了一件离奇诡谲的案件，军饷神秘消失，鬼影重重，涉案之人先后死于非命。 韩非、张良、卫庄，这三个拥有绝世之才的人，命运交织在了一起，面对重重迷雾，他们赫然发现韩国的未来危如累卵。 那紫雾背后的冷峻眼神，已看出这棋局的胜负了吗？
桃夭带着小和尚磨牙、第一季收服的小狐妖、桃都老邻居柳公子一起，为了寻找失踪的百妖谱而云游四方。在途中遇到应声、化蛇、媪姬、照海四个妖怪，为妖怪治疗各种疑难杂症。
正值情窦初开之时的公主，以为自己的心上人是付望舒，却可惜无缘亦无份。而另一边，九皇叔和她虽以叔侄相称却并无血缘关系。皇叔对于她来说，亦师亦友，且两人年龄相差无几，可谓青梅竹马，两小无猜。可孟玉珥一开始却没意识到九皇叔的一往情深，爱他念他也不自知，毕竟辈分不对。
故事延续第二季主线，灵界与斗魂卫在利益纠葛之下冲突不断，本季灵界派出强盛军队欲对斗魂卫赶尽杀绝，两方势力都在以正在举办门宗大会的五法山为中心汇集，在这里发生着惨烈的战斗与冲突。
恐龙这个消失了亿万年的种族，因为一具最新出土的恐龙化石和一块神秘的金属，再度出现在了地球。在地下世界生活着的活泼好奇的小恐龙们，为了长老爷爷能再次回到地面，企图通过那块神秘金属回到过去，扰乱人类历史文明的发展。 得知内情的龙翔和从泛古大陆赶来助阵的伙伴们与史前小恐龙们展开了一场场斗智斗勇，诙谐搞笑的争斗。通过龙翔和伙伴们的努力，保护了人类的历史文明，并说服了恐龙大长老，共同联手使地球避免了灭顶之灾……
