本季主要讲述了在始祖灵兽利用无尽能源替布莱克驱逐了体内的黑暗力量后，无尽能源便消失了，正当SPT 小队感到失望时，派特博士无意上发现了幻影金刚的芯片中记录着关于阿瑞斯水晶的传说… 于是战神联盟在SPT的协助下踏上了寻找阿瑞斯水晶的征途，在经历重重磨难，战神联盟终于扫平了阻碍，战胜了也想染指水晶的海盗和邪恶精灵，最终在一场公平的对决后，雷伊以实力最终赢得了阿瑞斯水晶，帮助赛尔们找回了无尽能源。
《万界神主》第109集即为《万界神主 第三季》第1集。 身为古神的叶辰从神境世界陨落到了苍蓝世界，这里百州千国林立，豪强争霸，叶辰在这个苍蓝世界呆了数百年，建立了庞大的势力。在百州千国，叶辰的存在一直都是一个传说。但是来自神境世界的力量慢慢地延伸到了苍蓝世界，一场残酷的龙争虎斗即将开展。南州都城，天北国第一战将洪旭与南州双月 门门主武隆二人在花神宫外比武，却不料败在花神宫丫鬟组小组长苏小小的手中，众人震惊。北狄大军出现在了南州东部，欲破南州。守将不顾南州百姓安危与斩风的劝阻，打算打开城门投降。花神宫宫主澹台月及时出现，以将北狄灭国为威胁，逼退率领北狄大军的雷帅。苏小小让武隆和斩风前往花神宫外门打杂。为了阻止战争的爆发，叶辰孤身一人前往北狄的途中，遇到了圣女——慕清雪跟他的随从。数百之多的北狄狼骑突然出现，将他们的去路完全封死。叶辰出手，打败了北狄的将军和狼骑，救下了慕清雪一行人。漫山遍野的火焰将他们包围在了雪地之中。叶辰急忙逃离，顺便带走了慕清雪。北狄国主托尔克汗为了花神宫一事，前往神冢祭坛，寻求老国师的帮助。老国师令托尔克汗持他的信笺，前往昊天宗，请昊天宗宗主出山。慕清雪回到了自己的家园当中，却发现自己的家园已经被摧毁。叶辰将慕清雪带入了先祖古墓之中。叶辰与慕清雪二人在洞穴之内发现了一艘拥有智慧的远古飞船——若琪。安琪和若琪在穿梭暗域世界的时候，被噬灵偷袭，生死不明。只有找到七份生命契约，这样才能让安琪复活。叶辰使用空间神力救助了大祭司。昊天宗等人闯入月影山庄，将一众花神宫的子弟杀害。苏小小出手，将昊天宗的执事打倒在地。谛听与苏小小等人对战。苏小小打算带上门人后撤。一路追踪苏小小等人的谛听，遇上了叶辰，反被打败。昊天宗毁了叶辰的月影山庄之后，手下死伤惨重。澹台月展开反击，不惜动用炼魂碎魄大阵，叶辰出手，将昊天宗宗主严鸿击败。而后叶辰才得知，昊天宗的幕后黑手其实是风雪女神安雪。叶辰和他的朋友们跟安雪斗智斗勇，并最终拯救了整个世界。
李鸣洋原本是一名平凡上班族，因为一个奇怪的二维码而陷入一个杀戮都市。在这里所有人都被迫参与到一场追杀与被杀的生存游戏中。在找寻逃出这个城市的出路过程中，整个事件的幕后黑手也一步步浮出水面。
双甲战陀竞技进入了超环觉醒的新时代，星野和他的伙伴们也将迎来全新的挑战。星野在学院联赛中优异的表现使他收到了来自超环学院的邀请，在新的环境中结交了小川、泰格等好友，澜和皇甫耀这两位老友也相继加入了学院并开展了一场全新竞技比赛，就星野等人经过激烈角逐进入决赛之际，反派洛威突然出现并向学院下战书，以学院归属为赌注，实际另有目的。可惜最后众人落败，为有朝一日夺回学院，星野一行人决定暂时离开学院开始全新的修炼之路。
少年秦烈为守护唐思琪，不顾境界相差悬殊和梁少扬对战，同时他体内沉睡的力量开始慢慢觉醒。器具宗在玄天盟派八大门派围攻下，遭遇到宗门存亡危机！秦烈答应器具宗宗主誓死守护器具宗，与此同时，七煞谷谷主鸠琉瑜却带着最强大的秘密武器偷偷潜入灵坛，打算夺取秦烈的性命……
