神奇阿呦第二部全集故事讲述的是在神奇阿呦第一季最后一集中阿呦为了给小米去掉颜料，前往别的星球，机器流星人利用阿呦的善心逃脱，却引来了一个真正的流星人阿巴。阿呦把流星人阿巴带回小米家，但小米嫌它吵，阿巴就跑出去了。阿巴觉得实现别人的愿望很难，很伤心，想要回宇宙。
迷糊博士从遥远的星系来到童话星球，想要找出能成为超星萌宠铁拳虎伙伴的人。猪猪侠因好奇走进迷糊博士的古董店，从而发现了一个意外的秘密，铁拳虎本身就是猪猪侠的爷爷创造出来的神奇智能生命。 猪猪侠原本过着普通人的生活，对迷糊老师告诉他的知识和理想毫无概念与兴趣。迷糊老师不得不换个方式，让猪猪侠感受星际穿梭的魅力。猪猪侠完全折服于宇宙的博大奥秘中，接受了迷糊老师的邀请，正式成为了一名星际特工，从此与神奇的萌宠展开新的篇章。
古代神州大陆，华夏王朝和涂山妖国千百年来纷争不断，势不两立。来自华夏的张狂云和来自涂山的天狐公主白冰岚，因误会而相识。为探查敌国的底细，白冰岚潜伏到张狂云的身边，成为他的随从跟班。在身份落差、理念碰撞、情感成长的同时，随着一步步的探究，张狂云渐渐发现，原本以为姑母一家被屠、恩师深山被杀，只是孤立的偶然事件，没想到抽丝剥茧之下，一个前所未见的巨大阴谋，在剑气纵横、血火纷飞中，渐渐浮出了水面……
