神奇阿呦第二部全集故事讲述的是在神奇阿呦第一季最后一集中阿呦为了给小米去掉颜料，前往别的星球，机器流星人利用阿呦的善心逃脱，却引来了一个真正的流星人阿巴。阿呦把流星人阿巴带回小米家，但小米嫌它吵，阿巴就跑出去了。阿巴觉得实现别人的愿望很难，很伤心，想要回宇宙。
衰仔高三生路明非，突然收到了一封来自卡塞尔学院的邀请信，这一件天上掉馅饼的大好事砸得他有一些不知所措，经历了一系列事件后，路明非决定面对未知，加入卡塞尔，谁知竟被告知，卡塞尔的学习之旅是为了——屠龙。学院“自由一日”和“3E”考试等等不同寻常的事件让他不得不相信自己真的加入了一个目标是屠龙的神秘组织，随后去往青铜城的行动也让他直面了自己已然到来的、不平凡且残酷的人生……
为从美杜莎女王手中夺取异火，萧炎在药老陪同下前往蛇人族居住的塔戈尔沙漠。却因口渴误闯绿洲，引来蛇人族高手月媚追杀。没有药老逆天协助的萧炎，眼看要被月媚杀死，生死存亡之际，幸得一位蒙面斗皇相救。不料蒙面斗皇一行人也为异火而来。美杜莎女王拒绝古河交换异火的条件，蒙面斗皇戳穿女王此刻是能量体，而真正的女王在某处准备吞噬异火，进化为斗宗。蛇人族攻击冒犯女王的古河等人，萧炎也在混战中感知到异火行踪，潜入女王所在的地心岛……
伍六七接到神秘任务过程中却意外丧失记忆，为了唤醒记忆，伍六七去到过往记忆发生的地方见到记忆相关的人，其身世之谜也随之逐渐浮出水面。
三界皆惧的隐族尊主禾莞突袭天庭，上神南泽迎战，种玉小仙虞之瑶为保护南泽，舍命相救，与禾宛玉石俱焚之际意外重生，阴差阳错虞之瑶重生入了禾宛之体，重生后的禾宛隐之力大损，西海隐卫听昭前来帮助尊主禾宛恢复隐之力，之瑶自此被迫开启了双面女尊之路，人前佯装威严，君前娇俏可人……
神界梵虚天遭逢大乱，神界之主北天帝君受万道围攻，战败陨落，无数人追捧的术炼至宝--可以沟通上古之地的轮盘，也因此跌入人间。正逢男主林笑，与人约架被打成重伤陷入昏迷，阴差阳错获得了轮盘，北天帝君预感到乱世将倾，无奈之下选中了林笑，将自己的全部记忆送给林笑，让林笑以旁观者的身份，被迫体会了这位神界帝君跌宕起伏的一生。 林笑身处的东方大陆，武道衰落，术炼师寥寥无几，林笑在梦中跟随北天帝君见闻修炼的一些武道功法和术炼之术基本都已经失传。尤其是林笑所处的东方大陆的夏国，大家陷入权利的争夺，互相算计，互相暗害。四方侯府便是玄京城阴谋算计里首当其冲的那一个，林笑母亲苏怡然在生产之时遭人暗害，难产导致林笑先天根骨不全，在武道上注定没有成就，受尽嘲讽奚落，以致放弃了自己的修炼目标，胡作非为。 纨绔少爷一梦睡醒，手握逆转乾坤之力，自然就要有仇报仇，没仇的多找些麻烦。从梦中世界回到现实世界的林笑，渐渐成为了整个玄京城的噩梦。 林笑在暗流涌动的京城局势中步步为营，对抗隐藏在暗处的各方势力，保护正处于风雨飘摇中的四方侯府和整个大夏王朝。在这个过程中，林笑游离在神界帝君和侯府少爷的身份里，迎接着一场场危机，不断发现着这个世界被人遗忘的真相。幸运的是，本心善良的林笑结识了乱世中真正优秀和值得信赖的伙伴，最终成功找到了自我。林笑最终完成了从玄京首废到领航者的转变，打开了神界通道，带领伙伴们艰难的挽救了这片大陆，这个少年，也终于成长为这个世界的受人尊敬的顶级武道者和术炼师。
