神奇阿呦第二部全集故事讲述的是在神奇阿呦第一季最后一集中阿呦为了给小米去掉颜料，前往别的星球，机器流星人利用阿呦的善心逃脱，却引来了一个真正的流星人阿巴。阿呦把流星人阿巴带回小米家，但小米嫌它吵，阿巴就跑出去了。阿巴觉得实现别人的愿望很难，很伤心，想要回宇宙。
数百年前，一场突如其来的陨石群撞击，让整个世界崩塌成两片彼此共生又绝对隔离的大陆。为了拯救危在旦夕的人类文明，数百位以罗森博格为首的原大陆科学家，集诸国之力研发出一种新型能源供给装置（卡片）。主人公陈暮从一个弱小无助、贫苦无依的困顿少年，在经历了一连串充满挣扎与磨难的冒险之后，没有放弃与退缩，依然靠着善良包容的天性、自身的卓绝努力与周围亲朋好友的热情相助，最终突破重重障碍，成长为一个正义凛然、以德服人、能力出众的正面领袖的故事。
萧炎（刘三木 配音）曾是家族里公认的斗气天才，年仅11岁便已经抵达了常人穷尽一生都无法修炼到的境界。可12岁那年，一场意外让萧炎的全部努力都化为了乌有，失去一切的他体会到了人情的冷暖和世态的炎凉，之后，萧炎和纳兰嫣然（鬼月 配音）许下了决斗的三年之约，来到魔兽山脉，在身世神秘的药老（黑石稔 配音）手下修炼。 三年间，萧炎的身影穿梭在塔戈尔大沙漠和加玛帝国黑岩城等地，结识了云芝、小医仙（醋醋 配音）等志同道合的好友，并且最终获得了强大的力量。三年一晃眼就过去了，萧炎毫无悬念的战胜了纳兰嫣然，却没想到，他的故事和劫难才刚刚开始。
