神奇阿呦第二部全集故事讲述的是在神奇阿呦第一季最后一集中阿呦为了给小米去掉颜料，前往别的星球，机器流星人利用阿呦的善心逃脱，却引来了一个真正的流星人阿巴。阿呦把流星人阿巴带回小米家，但小米嫌它吵，阿巴就跑出去了。阿巴觉得实现别人的愿望很难，很伤心，想要回宇宙。
守护森林的仙女爱丽丝在一次巡视森林的过程中发现了一个塑料玩具小精灵，于是运用自己的魔力赋予其生命，将它变成自己守护森林的助手，并起名图尔克。在施魔法的过程中有一些魔力洒在了另外一个塑料火星人小玩具身上，于是塑料火星人巴特尔和图尔克认识并成为朋友，一起守护森林，经历了许多有趣且发人深省的事情。
飞伦擎锋两兄弟在宇宙能源战士展森的指引下，踏上了解决能源危机与地球环境问题的冒险之旅。两兄弟在冒险的过程中结识了来自世界各地的小伙伴与十二辆爆裂飞车。随着冒险的进一步深入飞伦等人发现，原来地球上的种种环境问题都源于一位叫作赤魔的宇宙大魔王。他为了统治宇宙正指挥着自己手下的魔暗军团不断地掠夺地球能源，并意图夺走整个地球能源的核心——奥能核心。于是飞伦带领着一众伙伴与十二辆爆裂飞车相互配合，最终击败了赤魔与魔暗军团，守护住了地球乃至宇宙的和平与安全。
