神奇阿呦第二部全集故事讲述的是在神奇阿呦第一季最后一集中阿呦为了给小米去掉颜料，前往别的星球，机器流星人利用阿呦的善心逃脱，却引来了一个真正的流星人阿巴。阿呦把流星人阿巴带回小米家，但小米嫌它吵，阿巴就跑出去了。阿巴觉得实现别人的愿望很难，很伤心，想要回宇宙。
该片讲述了一群孩子，暑假在森林玩耍，从发现“反季节生长的外来生物” 开始，到气温极速下降，从零上 40 多度，迅速降低到零下 30 多度，温差的极速变化，导致大片的植物死亡了，动物和人类生病 了，瘟疫四起，社会混乱。绿绿星球的小朋友看到美丽的家园一片狼藉，被人破坏，决心找到罪魁祸首。经过一番探寻，发现这些都是垃圾人想掠夺星球资源，而搞的破坏行为。于是一场保护“美丽家园”不受侵袭的，“爱绿色有健康”正义之战打响了。"
小逸，一名梦想成为跳跃小子的少年。机缘巧合之下结识了跳跃战士-烈火骑士。在一次对抗反派势力搞事王的事件中，小逸与烈火骑士并肩作战，化解了搞事王所制造的城市危机，并从此结为了伙伴。此后小逸还认识了很多跳跃小子和其他的跳跃战士，并与他们结为了朋友，和烈火骑士也开始了以参加职业跳跃小子选拔为目标的训练，期间发生了很多有趣的事情。而搞事王也在频繁地制造麻烦，对城市的安全造成威胁，在烈火骑士的帮助下，小逸与朋友们携手作战，频频破解机关，化解危机，发生了一系列惊险的故事，最终他们依靠团结、努力、勇敢的友情力量打败了搞事王，成功拯救了城市！
在本季《超级飞侠12》中，超级飞侠依然会接收来自世界各地小朋友的电话，为小朋友定制他们需要的特别的东西，并将东西送到他们手上。当小朋友们遇到困难，乐迪会请求总部的帮助，超级飞侠将带来拥有各种属性的愿望能量球，和小朋友们一起摇身一变成为酷炫的愿望守护者，陪同小朋友一起解决问题。而上一季新登场的三位超级飞侠新成员：恐龙飞机超级飞侠大壮、速食卡车超级飞侠糯糯、高速火车超级飞侠咚咚，也会在这一季中展示他们的过人之处。而当困难升级，超级基地也会变成超级机器人，跟超级飞侠一起陪小朋友们度过难关。
