虎视虎子，就读于东京都立日之南高中的女高中生。 有一天，她在上学的路上，感觉脸上有一股冰凉的感觉。 当她抬头时，看到一个流鼻涕的人，还有一根角被电线缠住。 一个不能动的女孩……！ ？ 无意中帮助了长着奇怪角的女孩鹿子， 优等生虎路虎子的生活陷入混乱…… 少女遇见鹿的故事开始了！ ！
魔法——這不是傳說或童話的產物，而是發展至今將近一個世紀的現實技術。今年春天，持有施展魔法能力的「魔法師」培育機構「魔法科高中」，某位少女將入學就讀。容貌秀麗、完美無缺的優等生——她的名字叫「司波深雪」。深雪夢想著和一同入學的哥哥——達也過著親密的高中生活，但擋在她面前的是一科生與二科生——優等生與劣等生的高牆……!? 由愛慕哥哥之心更勝親情的妹妹——深雪的視角所鮮活描繪的，另一個「魔法科高中」在此上演。
