与假面骑士Thousand Ark的游戏中取得胜利的檀黎斗借着幻梦无双卡带的力量，陆续收购IT相关的风险投资企业，扩大幻Corporation。但随后Smart Brain的形象女郎兼社长秘Smart Queen出现，宣告已经完成了幻梦Corporation的收购。其目的是黎斗创造游戏的力量。 黎斗拿着幻梦无双卡带逃离现场，然而电池耗尽令他静止了。 而救助黎斗的是意外的人物ーーー。
住之江圭太是个临近高中升学考试的初中三年级男生。他在小时候由于父亲再婚，而和可爱的双胞胎姐妹·亚香和理香成为了姐弟。尽管没有血缘关系，三人也关系和睦地一同成长，但不知从何时开始，亚香和理香却似乎对圭太产生了恋情。看似是个认真的人、实际上是闷骚类型的亚香，以及虽然说话很冷淡、内在却很积极的理香。被两人所逼近的圭太，陷入了并非是由于应考学习所导致的、另一种意义上的困境
时为2138年。曾卷起一大风潮的虚拟现实体感型网络游戏《YGGDRASIL》即将迎来停服。 玩家飞鼠在曾经以同伴和荣华自傲的根据地纳萨力克地下大坟墓，独自一人安静等待着那一刻。 但，发生了结束时间已过却没有登出的异常事态。 NPC们以自己的意志行动，不止如此，纳萨力克之外展开了从未见过的异世界。 飞鼠为了寻找过去的同伴， 以公会名安兹·乌尔·恭自称，决定在异世界扬名立万。 他与宣誓绝对忠诚的部下一同，向新的地域进军。 将世界收于掌中的死之支配者，于此再临！！
在从便利商店回家的路上，突然被异世界召唤的少年菜月昴。在无法依靠任何东西的异世界，无力的少年手唯一的力量……那是“死去然后重新开始”的力量。为了守护最重要的人们，为了取回确实存在着又无可替代的时间，少年抗拒着绝望，勇敢地面对着残酷的命运。（本次新编集版在第一季动画基础上追加新场景，以2话合并成1话的形式制作成单集时长1小时的特别篇）
日本出生的少年人星矢，为寻找失散多年相依为命的姐姐星华，毅然前往希腊圣域接受成为圣斗士的艰苦训练，为要在银河擂台赛中夺冠并获得黄金圣衣。在比赛中，星矢与紫龙、冰河、瞬及一辉发展出一段至死不渝的友谊，并发现了一段13年前教皇的秘密…… 13年前，黄金圣斗士人马座艾奥罗斯救出正在被教皇下手杀害的女神雅典娜的转生女婴，并在临死前将女婴及黄金圣衣托付给日本人城户光政。城户光政为把黄金圣衣交托可以信赖的人，就把100个小孩（漫画版是城户光政与99个女人所生的小孩，动画版却是100个孤儿）分别送往世界各地接受圣斗士的训练，藉银河擂台赛将圣衣交予冠军人选，而女神雅典娜就正是城户光政的孙女城户沙织…… 故事中，十分强调对信仰的忠诚，以及无私奉献的友情，并强调由此信念而生的“小宇宙”之燃烧，是击破一切黑暗势力的神秘力量泉源。
