在未来世界，温室效应令全球水位上涨，很多地区被淹没在海洋里。
主人公是居住在某个海洋都市里的15岁少女水树玛依雅是一位十分优秀的海洋厅后备人才，模拟考试笔试第一，正式考试的操作也是第一，面试时也十分自信，可就是这样一位优秀的人才居然落榜了。刚刚失去唯一的亲人、相依为命的爷爷，又没顺利进入海洋厅的玛依雅，可谓是穷困潦倒，由于意外的事件就职在了环绕海洋都市展开工作的小型私人连锁企业All Round Service 也就是“什么都做的公司”的尼丽德支店，然后开始了在尼丽德公司工作、冒险生活。
もう一度、夢を生きるー 肉体とギア・テクノロジーを融合させた究極の格闘技“メガロボクス”。 その頂点を決める大会“メガロニア”に、ギアを身に着けず生身の体で挑んだボクサー“ギアレス・ジョー”。 最下層の地下リングからたった三ヶ月で頂点へと駆け上がり、奇跡の優勝を遂げた伝説のチャンピオンの姿に人々は熱狂し夢を見た。 しかし、それから７年後、“ギアレス・ジョー”は再び地下のリングに立っていた。傷だらけの身体にギアを装着し、自ら“ノマド”と名を変えて……。 かつて、“ギアレス・ジョー”が果たした夢。 その続きの中で人々は何を見るのか。
2000年，一个科学探险队在南极洲针对被称作“第一使徒”亚当的“光之巨人”进行探险。在对其进行接触实验时，“光之巨人”自毁，从而发生了“第二次冲击”，进而导致世界大战。最后，人类人口减半，地轴偏转、气候改变。根据对“第二次冲击”的调查，联合国在日本箱根成立人工进化研究所（即 GEHIRN）从事EVA（指机器人）的发展研究，后GEHIRN利用在人工进化研究所下方发现的巨大空洞建造了总部。 另一方面，联合国下属秘密组织SEELE为了使人类进化，开始实行人类补完计划，就是将所有人的灵魂汇集在一起，通过中和每个人的AT力场，使每个人回归LCL之海。 2004年，EVA初号机进行启动试验时发生事故，碇真嗣的母亲碇唯消失，碇源渡开始执行“碇源渡版本的人类补完计划”。2010年，GEHIRN被改建成NERV。 2015年开始，根据SEELE人类补完计划剧本的安排，一种巨型人形生物“使徒”开始在日本登陆，并向NERV总部进攻，NERV组织EVA消灭使徒。在NERV与使徒作战的同时，碇源渡秘密地执行它自己的计划。随着时间推移，碇源渡的计划逐渐被SEELE发现，NERV与SEELE产生了矛盾并不断恶化。 Director's Cut版本的第21～24集由剧场版《Death》篇剪辑而成，收录在20周年纪念版的蓝光中。
故事发生在一个名为“童话王国”的魔法世界之中，替这个世界供给能量的，是漂浮在天空上的幸福之星。糟糕的是，近日里，幸福之星接二连三的消失了，如果这样的情况继续下去，那么童话王国总有一天会消失不见。为了避免这样的情况发生，女王决定派出三个魔法宠物前往人间，他们要找到有资格成为偶像公主的三名少女，委托她们帮助童话王国收集幸福之星。这三人便是雪森苹果、高城蕾拉和笹原名月。 在魔法的加持之下，三名少女得以暂时拥有长大成人的模样，她们通过她们的歌声和舞蹈给人们带来幸福快乐，因为变身维持的时间非常的短暂，所以她们也被人们称为“谜一样的美少女偶像公主”。
