一夜间惨变孤儿的张小凡被青云门收为弟子，经过五年刻苦修炼，他在师门七脉会武上大放异彩，后被派往空桑山打探魔教行迹，旅程中，他与师姐陆雪琪遭遇危难，并结识救护了魔教女子碧瑶，同时，新的危险也在前方等待着他。
新天眼将主线设定为孩子们在生活中所面临的一些问题，比如说成长、梦想、教育、环保等，整个故事情节十分贴近生活。天眼和好朋友们的一个个生活小故事中展现了许多善良诚实、积极乐观、团结友爱的中华民族优秀品质，让孩子们在观看多彩动画的同时还能汲取一些精神养料。
被镇压千年的上古魔尊东方青苍重临三界，一经复生便掀起仙魔大战，却因灵力未复被战神九渊重伤。为脱身，魔尊与司命座下小仙小兰花互换灵魂，却不想难以控制魔力的小兰花，竟失手拍死自己的仙身，两人陷入共用一个身体的窘境。无奈之下，两人踏上寻找新肉身的旅途。一路上，两人历经种种，打打闹闹中小兰花对东方青苍暗生情愫，却不知此时的东方青苍只将她当做复活上古战神赤地的工具，而平静之下一场更大的阴谋正悄然进行……
在一张古老而又神秘的地图上，记载了传说中未曾有人见到过的特异精灵，这张地图的现身，在宇宙中掀起了一场腥风血雨。平凡的机械师小墨（杨欧 配音），在误打误撞之中被卷入了宇宙海盗美利图（杨梦露 配音）一手策划的阴谋之中，遭到了对手的俘虏，赛尔号陷入了前所未有的危急情境之中。 懦弱胆小的播音员乔森（杨海音 配音）、自吹自擂的厨师老汪（刘钦 配音），小墨必须和这些看似非常不靠谱的同伴们结成同盟，对抗强大而邪恶的银河美利图军团，他们的存在，成为了赛尔号的最后一层防卫。最终，平凡的小人物们是否能够凭借着他们的智慧和勇气，打败邪恶，传播正义呢？
