《阿优之兔智来了2》的故事延续《阿优之神奇萝卜》系列，故事讲述的是阿U和他的小伙伴们看守的那颗巨大的超级萝卜有天突然变小了，博士怀疑是巨石阵的土壤含有某种只对大萝卜有作用的特殊物质，而现在这些物质已经受到了破坏，大萝卜得不到营养开始萎缩。博士推测萝卜岛周围的岛屿上一定还有同样的土壤，可以让大萝卜恢复原状。孩子们主动要求承担这个寻找土壤的任务，为了帮助大家，博士送来一只名叫兔智的机器人，它不仅智慧超群，还拥有各种能力，在保护萝卜的过程中发挥了重要作用。但是兔菲依旧不放弃自己的梦想，他带领手下跳跳和甩耳开着飞行器一路跟随阿U他们，发誓要得到超级萝卜。
仙乐国太子谢怜接连被贬后第三次飞升成仙，却不慎破坏了神官们的金殿，无人供奉的他只能下凡除鬼来换取功德作为补偿。在凡间的历练中，谢怜结识了两位来帮助他的小神官，并认识了诡王花城，四人一同解决了一件件诡谲的事件，并逐渐接触到了看似光鲜亮丽的仙界众神官的黯然往事。
在西天取经后的十六年，为了抢夺奇经，一群神明打破了平静，机缘之下的狼少年加入原西行团队，命运的轮盘就此转动，重返十六年的西行之路正式开启，这一次冒险是为了最初的那个梦。
暑假的第一天，罗旋和魔幻陀螺的守护者智辉成为了好朋友，并且和魔幻陀螺赤影相遇了。魔幻陀螺是来自远古文明的神奇力量，在智辉的号召下，为了寻找更多的魔幻陀螺，防止魔幻陀螺被坏人利用，罗旋和好朋友晓亮、智辉一起成立了魔幻小队。在旋力感应器的指引下，小队成员们几经波折分别找到了属于自己的魔幻陀螺。在这期间他们也和美伊、南星、大力成为不打不相识的好朋友。魔幻小队有了新的成员加入，重新集结再出发，面对窥伺魔幻陀螺力量的乔老大，大家齐心协力，最终破解了乔老大的阴谋。但这仅仅是开始，还有更大的挑战等待着他们。面对难以逾越的困难，小队成员们也渐渐学会提升自己的旋力能，为魔幻陀螺们注入更强的能量，和魔幻陀螺一起并肩作战
