高中二年级，辍学独自在东京工作并设定了上大学的目标的主人公。 被朋友背叛，不知所措的少女。 被父母抛弃，靠打工在大城市中勉强维生的女孩。 这个世界总是背叛我们。 事情总是无法按照我们的想法进行。 但是，我们还是希望喜欢上什么。 因为我们相信自己的位置一定在某个地方。 所以，我们歌唱。
故事发生在一个名为“童话王国”的魔法世界之中，替这个世界供给能量的，是漂浮在天空上的幸福之星。糟糕的是，近日里，幸福之星接二连三的消失了，如果这样的情况继续下去，那么童话王国总有一天会消失不见。为了避免这样的情况发生，女王决定派出三个魔法宠物前往人间，他们要找到有资格成为偶像公主的三名少女，委托她们帮助童话王国收集幸福之星。这三人便是雪森苹果、高城蕾拉和笹原名月。 在魔法的加持之下，三名少女得以暂时拥有长大成人的模样，她们通过她们的歌声和舞蹈给人们带来幸福快乐，因为变身维持的时间非常的短暂，所以她们也被人们称为“谜一样的美少女偶像公主”。
高中生少年八坂真寻的面前突然出现了一位银发碧眼的美少女，她自称是克苏鲁神话中登场的邪神·奈亚拉托提普，并且是宇宙人。从那以后，以奈亚子和真寻为中心的邪神（宇宙人）和地球人所引起的尽是麻烦的每一天开始了。
故事描述日本在16年前成立名为《公序良俗健全育成法》的法规，自此所有与“性”有关的文句都遭到禁止。某日，高中生奥间狸吉终于如愿进入崇拜的学姐安娜担任学生会长的风纪优良名校就读，但刚入学就遭到名为“雪原之青”的下流梗恐怖份子抓住把柄，被迫成为下流梗恐怖组织“SOX”一员。
“荒耶，你在追求什么？”“真正的睿智。”“在哪里追求？”“只在自己的心里。” 1998年11月，胭条巴遇到了两仪式并被她吸引。胭条巴每晚都做噩梦，自己犯下的罪行不断重现。两仪式为了调查事件的真相，前往胭条巴的寓所，却不知道，他们不知不觉已经进了敌人的圈套——复杂的“矛盾螺旋”。 而在这一切的背后，是名为荒耶宗莲的男子。他宿命的劲敌是魔术师苍崎橙子，最强的人偶师。伽蓝堂全体出动，赌上性命的战斗即将开始。 「アラヤ、何を求める」「―――真の叡智を」「アラヤ、何処に求める」「―――ただ、己が内にのみ」その男は悠久の時を経て、万物の霊長たる人間の営みに絶望し、その最期を見届けるために、万物の始まりにして終焉である「根源」を渇望して、死の蒐集を始めた。名を荒耶宗蓮という。かつて、彼には遠い異国の学舎(まなびや)でひとりの好敵手がいた。名は蒼崎橙子。3つの原色のうち赤の称号を得た魔術師で封印指定を受けた最高位の人形師。ふたりは、いつかどこかでまみえる宿命だったのだ。その場が、皮肉にも橙子の住む町に建つ、自身も関わった螺旋の地だったのは、常に根源に至ろうとするモノを妨害すべく現れる「抑止力」のなせる技なのかは誰も知る由がなく。抑止力―――そのひとつは、霊長である人間が我が世を存続させるべく、身勝手に願う無意識の集合体。もうひとつは、人間の活動などお構いなしの、この地球が生き延びるための生存本能。果たして、そのどちらかがどう作用したかはわからぬまま、ふたつの不可解な事件が起き、無限に続くはずの日常から外れてしまった存在があった。その名は・・・。両儀の家に生まれ落ちたからこそ得てしまった力と身体を持て余す、両儀式。その肉に未知への扉を見いだす、荒耶宗蓮。彼の企みに気付く、蒼崎橙子。思わぬ事態に翻弄されながらも揺らがない想いを抱く、黒桐幹也。そして式と出逢い心惹かれる、臙条巴。彼らの遭遇は、偶然か必然か。「偶然というのは神秘の隠語だ。知り得ない法則を隠すために偶然性という言葉が駆り出される」橙子の語る言葉の通り、今、誰も知らない、けれどすでに示された路に向かい、それぞれが突き進む。
