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学生新聞で４コマ漫画を連載している小学４年生の藤野。クラスメートからは絶賛を受けていたが、ある日、不登校の同級生・京本の４コマを載せたいと先生から告げられる…。二人の少女をつないだのは、漫画へのひたむきな思い。しかしある日、すべてを打ち砕く出来事が…。胸を突き刺す、圧巻の青春物語が始まる。

　　兵藤一诚（梶裕贵 饰）是学校里出了名的好色男，因此遭到了诸多女生的嫌恶，某日，一位名叫天野夕麻（生天目仁美 配音）的神秘美少女突然出在了一诚的面前，她不仅向一诚告了白，还提出了约会的请求。难道一诚的春天就要这样来临了？
　　让一诚没有想到的是，在初次的约会之中，自己竟然被天野夕麻杀死了。原来，夕麻的真实身份是下级堕天使丽娜丽，她接受了教会的命令，专门前来刺杀一诚。就在一诚魂飞魄散之际，学园里的公认校花莉亚丝（日笠阳子 配音）出现在了他的面前，她使用恶魔棋子将一诚复活，并使其成为了自己的眷属。教会刺杀一诚的真实目的究竟是什么呢？一诚又将怎样面对死而复生的人生呢？

　　正在调查坠落在太平洋上的不明飞行物体的海上自卫队二尉有动贵文（大澄贤也），遇到了突然出现的蓝光，受发光体的影响，导致遗传因子标准的变质，变成了凶恶的怪兽THE ONE。之后，他（THE ONE）从防卫厅内的特殊机关BCST（对生物工程学的研究机关）的监视下逃走，从此就没了音训。
　　另一方面，航空自卫队F15J飞行员真木舜一（别所哲也），为了多点时间陪伴患有先天性疾病的儿子继梦决定辞去官职。在最后一次飞行中真木与“红色发光体”在空中相遇。这是the one事件后3个月发生的事情。但是真木奇迹般地生还，然后转职成为了民航机飞行员，展开了新生活。对这样的真木还是有机关非常关注，尤其是BCST中的化学担当官水原沙罗，BCST将真木强制带走，在废工厂中搭建的BCST研究室进行身体上的监视。此时行踪不明的怪兽THE ONE像被某种东西吸引而回来了。遭受THE ONE攻击而濒死的真木，身体发生了变化，在红色光球的力量之下变身了！变成身高10M拥有银色光芒的钢铁身体型态，偶而还有自己意志的真木，跟THE ONE展开作战，但是因为变身不完全，能量快速消耗，在遭到决定性的一击后变回了真木舜一的型态。然后沙罗将这个在THE ONE之后出现的生命体定名为“THE NEXT”。
　　真木在从东京被护送回BCST研究室的途中得知了儿子继梦入院的消息,在赶到医院后跟妻子蓉子再次的碰面了。此时,人类最大的危机出现了,在吸收了各式各样的生物进入体内而产生变异的"THE ONE"重返出现在新宿的街道上,从口中发出的的超绝火炎光弹将街道烧毁殆尽有恸的人格已经被"THE ONE"取代,已经成为不能变回为人的状态。不过那样的有恸以前与水原沙罗却是有着婚约的情侣为了沙罗心中的回忆，并且为了跟儿子继梦的约定，为了保护心爱的家族，真木再次变身。那个姿态更加进化成巨大化40m，在间接部有像流血般的红色，两肘的特征是出现肘刀。现在，以新宿副市中心为舞台，ULTRAMAN与"THE ONE"的决战之火开始燃烧了！

成为二年级学生的千早和太一等人，首次迎来后辈，在经历着作为前辈的痛苦与喜悦的同时，目标也直指竞争对手学校的强敌。更加充满激情的瑞泽高校歌牌部，将会一如既往地展开活力四射的青春群像剧——

港湾都市“里布拉市”。作为政治经济文化中心将城市中的“富”集结起来的“上城”，以及充斥着渎职和犯罪、人们不得不互相猜疑的“外围”，分隔这两个区域的巨大运河以及一座“桥”。由这些所构成，正可谓是将人类的“差别意识”表面化的城市。 从“上城”前往“外围”赴任的年轻女刑警·索妮娅，在追查种种事件的过程中，遇到了为保护人类而战的三个丑陋的人。他们究竟是什么人……？ 这三个“妖怪人”，各怀心思地隐藏真身生活着。希望通过铲除为害人间的“恶”而成为人类的“贝姆”；憧憬人类，希望通过和人类上同样的学校来理解人类，以成为人类为目标的“贝拉”；看透人类和世间，冷淡地沉浸于游戏世界的“贝罗”。他们在各种各样的事件中，以及与人类相互接触的过程中，不断受伤，不断烦恼。即使为了人类而战，但他们丑陋的样貌决不可能被人类所接纳……。 有一个人正寻找着这样的三人。操纵着暗中控制里布拉市的“看不见的议会”、企图掌控贝姆等三人的她，究竟有何目的？