与莉可、罗伊以及帕底亚地区的三只最初的宝可梦们一起踏上激动人心的宝可梦世界冒险之旅吧！
在科技发达的未来，网络上流传着一种真假不明、被称为“全息幽灵”的奇怪现象。初中一年级的天之河宙因为启动了父亲留下的被称为“数码暴龙机”的神秘设备，开始能看到大家看不见的未知生物“数码宝贝”。父亲将一只顽皮的数码宝贝“伽马兽”托付给宙，自那天起，宙便被卷入了各种奇怪的事件之中……
樱丘高中的新学期开始了，这不仅仅意味着有许多新的面孔将出现在校园里，同时也意味着，一场轰轰烈烈的社团招募大战即将拉开帷幕。天然呆少女平泽唯（丰崎爱生 配音）对新的校园生活有着一份憧憬但也心怀忐忑，这时一个大大咧咧的女孩田井中律（佐藤聪美 配音）出现在了她的面前。在阿律的热情邀请下，有些迟钝的小唯莫名其妙的成为了“轻音部”的吉他手。来到轻音部活动室的小唯见到了贝斯手秋山澪（日笠阳子 配音），这个有些正经但又有些害羞的黑长直让小唯心生好感。但这时小唯才发现，这个传说中的轻音部，所有的社团居然就是她们三人，而按照学校的规定，凡是不满四人的社团就要被解散。怎么办？刚刚加入社团的小唯，立刻要开始为了保证社团不被解散而开始奋斗！
故事以史上首个自律人型AI「Vivy」为主角，是以「歌声带给众人幸福」为使命的「歌姬」。某日自称来自100年后的AI「松本（マツモト）」突然出现，并表示自己将与Vivy共同修正历史、避免100年后人类与AI发生战争，使Vivy踏上破坏AI的旅途。
距今50年后，地球被恐怖的宇宙种族袭击后的世界。在天空核心军士官学校当清洁工的少年斯坦福・悠，有一个无论如何都想实现的梦想。那就是成为为了从宇宙中拯救地球而来的巨大机器人，机器人·梅克的飞行员。不久，这个梦想变成了现实，斯坦福和他的同学们一起挑战从宇宙种族带来的新威胁中保护人类的战斗。
