2010年11月“β世界线”——主人公·冈部伦太郎跨越无数的苦难与悲哀，终究还是放弃拯救“她”的世界线。跌落失意谷底的冈部伦太郎。担心着他的同伴们。没能得到拯救的“她”将会变得如何？迎来新的角色，描绘而成的“零”之物语。
“天才”在被发现后开始塑造其轮廓。此时，天才前锋凪诚士郎的自我正征服世界！！ 把“好麻烦”挂在嘴边的高二学生凪诚士郎，整天过着百无聊赖的日子，直到梦想成为世界杯冠军的同校同学御影玲王发现了他的天赋。在玲王的邀请下开始踢足球的凪，发挥出了超乎想象的足球天赋。某日，他收到了“蓝色禁区”计划的邀请函，等待他的是与洁世一、蜂乐回、糸师凛这些从全国各地精挑细选出来的前锋们的集结。强强激战中，最终，天才凪诚士郎迎来“觉醒”时刻！
冥界篇的死斗之后。中了冥王哈迪斯的诅咒而丧失所有力量的星矢在雅典娜・城户沙织的看护下静静地生活着。但奥林匹斯十二主神之一的月之女神阿尔忒弥斯要将反抗神的星矢抹煞掉，于是派遣了三名天斗士（Angel）下人界。沙织为救星矢的性命，将女神的地位和地上世界的支配权交给了阿尔忒弥斯。成为大地之神的阿尔忒弥斯企图在大地上施下天罚令人类灭亡，而失去神力的沙织则通过流出自己的鲜血来保护人类。面对未曾有过的危机，本应失去力量的星矢重新站起，重新赶赴紫龙、冰河、瞬、一辉还有雅典娜的身边。然而天斗士们出现在星矢的面前并阻挡其去路，最后连奥林匹斯十二主神的阿波罗也降临了。面对全宇宙最强的神，赌上人类命运的最大的战斗开始了。
