有尾一族想要占领地球，企图统治人类，梦野博士为了阻止其野心，创造出科学战队来拯救人类。
ヒャッコクジムのジムリーダー・ゴジカに勝利し、7つ目のジムバッジを入手したサトシ達は8つ目のポケモンジムがある街・エイセツシティに向けて、旅を続けていた。その道中、一行は正体不明のポケモン「プニちゃん」を旅に連れていくのだが、「プニちゃん」は謎の集団・フレア団に狙われていた。 击败了第七道馆的道馆训练家葛吉花后，小智一行人继续以收集齐八枚徽章为目标向映雪市进发。在旅途中，他们遇到了正体不明的绿色生物“小软”（基格尔德·核心）及为其目标而行动的神秘团体“闪焰队”。
故事发生在圣米海洛夫学园之中，亚历山大（三瓶由布子 配音）是一位脸上有着十字架形圣痕的俄国少年，某日，他同名为织部真冬（藤村步 配音）的平凡少女相遇了。亚历山大背负着沉重的过去，他的姐姐被黄金炼金术师残忍杀害，复仇成为了亚历山大唯一的信念。在亚历山大的带领之下，织部真冬被卷入了炼金术师之间的激烈战斗之中，而她的命运将就此改变。 温柔善良的山边灯（丰崎爱生 配音）、害羞内向沉默寡言的泰蕾莎（茅原实里 配音）、个性高傲骄纵蛮横的千金大小姐辻堂美由梨（川澄绫子 配音），在学园之中，存在着的是这些活泼可爱个性迥异的女生们。亚历山大的到来又会带给她们怎样的意外呢？
唯我成幸（逢坂良太 配音）是一个看上去非常平凡的青年，唯一的优势就是每门学科都取得了很好的成绩。学校里有一个可以免除考试以及学费的特别VIP推荐名额，为了得到这个名额，成幸主动提出要担任帮助同学学习的教育指导员的职位。 被称为“文学之森的睡美人”的千金大小姐古桥文乃（白石晴香 配音）、被称为“机关精巧的拇指姑娘”的理科健将绪方理珠（富田美忧 配音）、被称为“白银的漆黑人鱼公主”的游泳部种子选手武元润香（铃代纱弓 配音），需要成幸辅导的，是这三位校园里的传奇人物。原本以为是非常轻松的工作，没想到这三个姑娘虽然在某一方面非常优秀，但在不擅长的科目上真的是令人大跌眼镜。
夏のある日、柔（声…皆口裕子）は銀杏柔道会の真由美ら、5人の小学生に出会う。真由美が率いる男女混合5人組は弱小チームで、今日もライバルのライザ柔道チームに完敗してきたところだった。柔は彼らをコーチすることになるが、真由美以外は全く練習に身が入らない。そんなある日、メンバーのひとりがライザ組に袋叩にされる事件が発生し、ライバル意識に目覚めた5人組は、ライザを倒すべく、柔のもとで再び結束を固めるのだった。
某日，有一封信来到了从红魔村归来的和真一行人手中。 上面写着，王女爱丽丝想听打倒了魔王军干部的和真一行人的冒险故事。 与作为护卫兼教育担当的库雷娅和蕾茵相伴来到阿克塞尔的王女爱丽丝，本以为与和真小队的会面能平稳结束，但—— “还能多跟我讲些冒险故事吗？” 王女爱丽丝，竟对和真念念不忘！？ 当和真再次睁开双眼，此时竟身在王都！ 和真决定答应爱丽丝的要求呆在王都、品味王城上流生活并在此幸福地寄居。 但是，正在此时，王都发生了义贼暗暗活跃的事件——！？
