式守同学不只可爱而已

过去，在被称作冬木的城市曾举行过由七位魔术师与英灵参加的“圣杯战争”。 然而趁着第二次世界大战的混乱，“某位魔术师”强行夺走了圣杯—— 数十年过去，千界树一族高举那个圣杯为象征，叛离了魔术协会，宣布独立。 愤怒的魔术协会派遣了刺客，但他们却遭到了召唤出的Servant的反击。 ——对抗Servant的是Servant。 ——“圣杯战争”的系统被变更，前所未有的七对七规模的战争爆发了。 因此，以罗马尼亚的图利法斯为舞台，空前绝后的规模的战争——“圣杯大战”拉开了帷幕。

在充满日本风情的小乡村霞高原町“霞之里”私立志能备学园里，为了拜自己憧憬着的忍者“市川电藏”为师而来到了“志能备学园”的女孩子向日葵，和为了偿还被骗走的借金而来到学校的新任教师万里小路隼人，他们之间闹腾故事还将继续。

很偶然的情况下，蜜蜜露碰到了传闻中的司，但却发现司是个很难相处的人，而且在他身边的怪物更伤害了不少玩家。在数次接触后，蜜蜜露了解到司的遭遇和状况后，并愿意成为他的朋友……昂，也开始注意到司……                                                                      　　司被红衣骑士团定为危险人物，尽管昂竭力阻止，但司最终被制服并压入地牢……与昂的倾诉后，司对昂产生了信任和依赖的感觉……而此时，怀着不良意图的楚良正前往救司……                                                                      　　帮助司的希望被寄托在一些破碎的线索上。经过整理，BT解开曙光之眼的迷题，通向被遗忘的场所的门出现……在颠倒的空间里，司、贝尔和蜜蜜露遇见了语无伦次的哈罗露得修维克，但却得不到任何解释而失望……此时空间开始崩塌，在逃跑时，司被杀了……                                                                      　　尽管司并没有消失，但受到沉重打击的他再次选择了逃避。在迷惑、怯懦下停滞不前的司，得到朋友的鼓励和支持，终于重新振作。昂更为了司的事，与银汉不和，最后导致了骑士团的解散……而失去保护的昂，遭到了攻击……“为什么你会在这里？”“因为我觉得在这里的话，就能见到你。”司搂着昂遍体鳞伤的身体……昂哭了……                                                                      　　司带昂去见哈罗露得修维克口中的“她”（亚尔拉），但却发现她消失了……在昂离开后，由于背叛了“她”，司的精神被摧毁了……而另一面，贝尔找到了艾尔巴帮忙，当再次与哈罗露得修维克相遇后，昂意外地得知司是令亚尔拉苏醒的关键……                                                                      　　到了约定的时间，艾尔巴开启了通往最后战场的传送门……而神智恢复后的司，又一次失去了信心。但当听克里姆说了昂的事后，司在苦苦等待的昂的面前出现了……跟着，他们步入了传送门……