秒杀外挂太强了，异世界的家伙们根本就不是对手。

某日突然现身于静冈的异星文明"Gaizok(ガイゾック)".开始侵略地球的行动.在数百年前逃避追杀而来到地球的神氏家族的后裔们,决意守护这个第二故乡.发动先祖遗留下来的巨大宇宙船"帝皇比亚路(キングビアル)"以及巨大合体机械人"赞波3(ザンボット3)",展开连番恶斗.                                                                      　　然而,神氏家族的付出却被百姓们所厌恶,认为他们就是招来Gaizok的元凶而遭到迫害.尽管被不信任,被出卖,被排挤,胜平一家还是坚持自己的立场,保卫地球......

　　全人类因谜般的现象而在一瞬间石化，之后过了数千年——。                                    
                               　　拥有超越人类的头脑，天生的科学少年·千空苏醒了。                                    
                               　　“从石器时代到现代文明，要跨越这科学史上的200万年！”。                                    
                               　　在这走投无路的状况中，千空寻找着伙伴，决心取回原先的世界！                         

位于东京西部的巨大“学园都市”。在总人口达230万人，其中约8成是学生的这座都市中，实施着超能力开发的特殊课程，学生们的能力被给予从“无能力Level 0”到“超能力Level 5”的六阶段评价。 高中生上条当麻，也是住在学园都市的学生之一。他由于寄宿在右手中的力量——只要是异能之力，就连神的加护都能消除的“幻想杀手（Imagine Breaker）”，而得到吊车尾的“无能力”的评价，过着充满不幸的人生。 而上条的学生生活，由于暑假开始时从天而降的纯白修女而发生了巨大的变化。自从与逃离“魔法”世界的少女——“禁书目录（茵蒂克丝）”相遇开始，上条就被卷入了各种各样的事件当中。在惊险地解决了统率学园都市的“科学”侧和与茵蒂克丝关联的“魔法”侧双方的事件过程中，他的人际关系也逐步扩展。随后，魔法侧的十字教最大宗派罗马正教，终于注意到了上条的存在……。 就像是在呼应魔法侧一样，科学侧的学园都市也开始了行动。但是，为了与突然开始对立的世界变化相抗争，那些因为上条的关系，而使命运大为改变的“英雄”们不断地出现。 就像上条当麻做过的那样，他们也挺身而出与世界对峙。 科学与魔法第三次交织之时，故事将大幅推进！！

　　成神阳太（花江夏树 配音）是一位非常平凡的男子高中生，正在享受他高中生涯里的最后一个暑假。一天，正在篮球场打球的阳太邂逅了一位名叫佐藤雏（佐仓绫音 配音）神秘少女，少女告诉了阳太一个惊人的消息——“30天后，世界就会毁灭”。                                    
                               　　阳太收留了无家可归的雏，虽然对她的暴言半信半疑，但雏所展现出的准确的预知能力让阳太渐渐开始相信她所言非虚。个性沉稳成绩优异的伊座并杏子（石川由依 配音）、外表看似冷淡但实际上有着一副热心肠的国宝阿修罗（木村良平 配音）、总是懒懒散散大大咧咧的成神空（桑原由气 配音），雏很快就交到了一群好朋友。

　　真历71年，挺过了多尔西亚攻击的77模组终于抵达月球，而他们也目指近在咫尺的地球，渴望回到吉奥尔人的故国。随着操控Valvrave的次数不断增多，时缟晴人（逢坂良太 配音）饱受符文力量的折磨，最终他和艾尔艾尔弗（木村良平 配音）缔结契约，决心背负着诅咒走到战争的尽头。此后不久，晴人和流木野咲（户松遥 配音）、犬冢久间（小野友树 配音）、山田雷蔵（中村悠一 配音）、连坊小路里见（浪川大辅 配音）、连坊小路晶（悠木碧 配音）驾驶各自的Valvrave成功抵达地球，然而相关数据的偏差却让他们深陷多尔西亚大军的重围。
　　悲剧的战争与宿命，少男少女充满血和泪的革命之路……