在本季《超级飞侠12》中，超级飞侠依然会接收来自世界各地小朋友的电话，为小朋友定制他们需要的特别的东西，并将东西送到他们手上。当小朋友们遇到困难，乐迪会请求总部的帮助，超级飞侠将带来拥有各种属性的愿望能量球，和小朋友们一起摇身一变成为酷炫的愿望守护者，陪同小朋友一起解决问题。而上一季新登场的三位超级飞侠新成员：恐龙飞机超级飞侠大壮、速食卡车超级飞侠糯糯、高速火车超级飞侠咚咚，也会在这一季中展示他们的过人之处。而当困难升级，超级基地也会变成超级机器人，跟超级飞侠一起陪小朋友们度过难关。
沈长君因为评论了一下小说剧情，阴差阳错间竟成为了作者原书中的师尊。为了在徒儿第九千夜面前树立一个光辉美好的师尊形象，沈长君开始了自己的完美计划……
讲述了人与妖冲突不断的世界中，涂山狐族心怀大义的大当家涂山红红（杨幂 饰）一心冀望两方的平等和和平，为此，她携手人族东方家族遗孤东方月初（龚俊 饰），开启促成缔结人和妖之间的情缘任务，以此抵抗侵蚀庇护涂山上下的苦情树的暗黑力量，瓦解挑拨人和妖之间矛盾的暗黑势力。
