向明神亚贵下跪吧。
时为20XX年——因冤罪而被收监在刑务所的阳菜。在那里等着她的是，美貌的看守·明神亚贵所带来的冷酷且甜美的支配……。“不要以为能从黑翼刑务所……能从本大爷的手里逃走喔？”身体检查中、牢狱中、甚至在与恋人的会面中都……，心灵和身体都被肆意玩弄的阳菜会迎来怎样的命运——！？
大资本家的千金美津子（平野绫 配音）父母双亡，被叔叔一家收养。在叔叔家的生活令美津子深感压抑绝望，因为她知道，他们一直都觊觎着她所继承的巨额财产，希望她尽早死去，为此甚至不惜使出了投毒的卑鄙手段。某天，一个自称二十面相（内田夕夜 配音）的男子出现在了美津子的面前，他告诉美津子自己是一名侠盗，并且邀请美津子加入他的世界和他一起去冒险，美津子毫不犹豫的答应了。 在新的世界里，美津子结识了各种各样二十面相的伙伴，然而奇怪的事情也开始逐件发生，在解开这些事件真相的同时，美津子发现，许多的疑点都指向了“二十面相的遗产”的谜团。同时，一些不知名的危险也在逐渐接近二十面相。
大野晶在登录着自己运营的游戏当中的最终BOSS“魔王·九内伯斗”的账号时， 突然被转移到了异世界中。 他与在那里遇到的腿脚不便的少女一起开始旅行，但周边的人们不会把拥有压倒性力量的“魔王”这一存在放任不管。 他被意图讨伐魔王的国家和圣女所盯上，一行人在旅途中不断引发了各种骚动……！
2000年，一个科学探险队在南极洲针对被称作“第一使徒”亚当的“光之巨人”进行探险。在对其进行接触实验时，“光之巨人”自毁，从而发生了“第二次冲击”，进而导致世界大战。最后，人类人口减半，地轴偏转、气候改变。根据对“第二次冲击”的调查，联合国在日本箱根成立人工进化研究所（即 GEHIRN）从事EVA（指机器人）的发展研究，后GEHIRN利用在人工进化研究所下方发现的巨大空洞建造了总部。 另一方面，联合国下属秘密组织SEELE为了使人类进化，开始实行人类补完计划，就是将所有人的灵魂汇集在一起，通过中和每个人的AT力场，使每个人回归LCL之海。 2004年，EVA初号机进行启动试验时发生事故，碇真嗣的母亲碇唯消失，碇源渡开始执行“碇源渡版本的人类补完计划”。2010年，GEHIRN被改建成NERV。 2015年开始，根据SEELE人类补完计划剧本的安排，一种巨型人形生物“使徒”开始在日本登陆，并向NERV总部进攻，NERV组织EVA消灭使徒。在NERV与使徒作战的同时，碇源渡秘密地执行它自己的计划。随着时间推移，碇源渡的计划逐渐被SEELE发现，NERV与SEELE产生了矛盾并不断恶化。 Director's Cut版本的第21～24集由剧场版《Death》篇剪辑而成，收录在20周年纪念版的蓝光中。
