南波监狱是日本最大的监狱，建立在孤岛之上，关押的都是穷凶极恶危险万分的重刑犯。在这座监狱的漫长历史中，没有一个犯人能攻克这厚重的高墙，越狱成功。双六一（关智一 配音）是第十三监狱的看守主任，人称南波监狱的No.1，他不仅工作十分认真，就连兴趣爱好都要做到最好。 十三号监狱里关押着四名犯人——有着灰暗过去一心想要越狱的少年Jyugo（上村佑翔 配音）、风流成性只要是女人就来者不拒的Uno（柿原彻也 配音）、虽然身为美国人却对日本动漫异常狂热的Niko（小林大纪 配音）以及人生之中最重要的两件事是吃饭和睡觉的Rock（汐崎艾鲁 配音）。一直以来对自己的能力自信满满的双六一发现，自己竟然拿这不按常理出牌的四人毫无办法。
主角樱羽一时是一个普通的男孩，他本来认为忍者是不存在的。 他本应该过着正常，幸福与美好的日子...... 有一天，一时被人盯上了性命，并得知这都是甲贺忍者的所作所为。 为什么一时会被人盯上呢？因为他是伊贺忍者的第十九代合法继承人！ 伊贺和甲贺长年来处于对立的立场，甲贺一直都想要侵略伊贺。 一时为了活下去，也只能让自己成为忍者！ 就这样，一时投身到了无人知晓的忍者世界中。 为了成为一个成熟的忍者，不断地学习、战斗，直面困难。 但这只是一时残酷命运的开始……
冥界篇的死斗之后。中了冥王哈迪斯的诅咒而丧失所有力量的星矢在雅典娜・城户沙织的看护下静静地生活着。但奥林匹斯十二主神之一的月之女神阿尔忒弥斯要将反抗神的星矢抹煞掉，于是派遣了三名天斗士（Angel）下人界。沙织为救星矢的性命，将女神的地位和地上世界的支配权交给了阿尔忒弥斯。成为大地之神的阿尔忒弥斯企图在大地上施下天罚令人类灭亡，而失去神力的沙织则通过流出自己的鲜血来保护人类。面对未曾有过的危机，本应失去力量的星矢重新站起，重新赶赴紫龙、冰河、瞬、一辉还有雅典娜的身边。然而天斗士们出现在星矢的面前并阻挡其去路，最后连奥林匹斯十二主神的阿波罗也降临了。面对全宇宙最强的神，赌上人类命运的最大的战斗开始了。
