魔法科高校的劣等生来访者篇

1989年，日本。                                                                      　　乔纳森·乔斯达与DIO决战后的一百年，DIO复活了。同时，乔瑟夫的孙子，空条承太郎发现自己有幽波纹（替身）能力，DIO的复活影响了没有替身抵抗能力的母亲，陷入病危情况；为了拯救命在旦夕的母亲，承太郎与乔瑟夫出发前往DIO的所在地——埃及。

　　高中生齐木楠雄是超能力者。心灵感应、念动力、透视、预知、瞬间移动、千里眼等，不论任何事情都自由自在。但这任谁都羡慕不已的最强能力，实际上对于本人而言是引来灾难的不幸元凶。因此，他在别人面前封印了超能力，以不起眼、不和他人有所牵扯为信条，默默无闻地过日子。但不知为何，他的身边总是聚集着不可思议的人类（生物），风暴般的灾难接连不断地降临！                        

　　在艾伦他们居住的帕拉迪岛之外，还存在一个其他人类居住的世界。当中一个国家「玛雷」与其他各国爆发战争。陷入苦战之际，他们决定要攻进帕拉迪岛，把「始祖的巨人」抢过来。在这里又看到另一群孩子们拼命求生存的身影……                        

　　年幼的爱力克兄弟十分思念去世的母亲，不惜触犯炼金术中最大的禁忌，进行了人体炼成。可是炼成失败了，哥哥爱德华失去了左腿与右臂，弟弟阿尔冯斯失去了肉体，只能把灵魂附身在一副铠甲上。为了偿还他们自己的罪，找回失去的一切，兄弟二人踏上了寻找传说中的“贤者之石”的旅程。
　　几年后，一位右臂与左腿都是由“机械铠甲”替代的国家炼金术士出现在人们的眼前，他被称作“钢之炼金术师”。

　　青井和哉（市来光弘 配音）是一个善良平凡的少年，姐姐青井和叶（能登麻美子 配音）的死却永远的改变了他将来的道路。袭击和叶的，是一种名叫“NOVA”的异次元体，为了替姐姐报仇，和哉进入了培养与异次元体战斗的战士的专门学校——杰尼提克斯学院。
　　在学院中，学员们被分为潘多拉与制御者两种类别，就这样，和哉结识了一群外表柔弱实力却异常强大的女孩子们。其中，被称为最强潘多拉的莎缇莱萨（能登麻美子 配音）最让和哉感到在意，在机缘巧合之下，和哉竟然和她结成了搭档。此外，还有外刚内柔的傲娇娘嘉涅沙（喜多村英梨 配音），神秘的西藏转学生拉娜林沁（花泽香菜 配音）等人。在战斗和学习的过程中，和哉下定决心，一定要揭开姐姐死亡的谜团。

为了探望身患重病的母亲，海棠晴（森川智之 配音）从日本远赴加拿大，待到抵达之时才发现，母亲的病危只是谎言，自己所要面对的，是自己横空出世素不相识的弟弟海棠零（皆川纯子 配音）。悲惨的童年经历令零幼小的心灵伤痕累累，他桀骜孤僻，不相信任何人，也不服从任何管教。                                                                      　　温柔善良的 晴用无微不至的照顾渐渐融化了零内心里的坚冰，当暑假结束晴要返回日本之时，兄弟两人约定有朝一日要在日本相聚。之后，一场车祸夺走了晴的一切，包括他和零在一起的记忆，当零千里迢迢来到日本之时，出现在他眼前的，是已经忘记一切面目全非成为牛郎的晴。

私立稀星学园高尾分校初中部，那是与有着表演系的本校不同的非常普通的学校。某一天，一名放弃了梦想的少女转入这所学校时，这个故事便开始了。                                                                      　　少女的名字叫做式宫舞菜。                                                                      　　她有着超人的歌舞感，因为某件事从本校转到了高尾分校。虽然打算在这里平凡度日，舞菜却遇上了谣舞蹈部这个濒临废部的社团。原本进行舞蹈活动的这个社团为了避免被废部打算展开偶像活动——                                                                      　　舞菜与同伴们一起，再次踏上了自己一度放弃的梦想之路。