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以若木民喜的同名漫画为原著的动画《只有神知道的世界》宣布第1季在2011年1月4日起在日本重播的同时，在其连载的漫画杂志《周刊少年 SUNDAY》上宣布推出第二季动画《只有神知道的世界Ⅱ》。
擅长恋爱游戏甚至被称为“攻略之神”的少年——桂木桂马在来自冥界的恶魔艾露西的强迫下，与她结下了地狱的契约。两人已经一起成功捕捉了四只驱魂。这一次在二人面前出现了新的驱魂队成员。在这一季里，将会出现新的攻略对象，武术传承者春日楠，现实女孩中的现实女孩小阪千寻以及学校的实习教师长濑纯。攻略故事就由此再一次展开。

故事发生在一个名为霞之村落的村庄之中，在这里，伫立着专门培养女忍者的忍者学校私立志能备学园。万里小路隼人（远近孝一 配音）是一名平凡的二十四岁青年男性，因为背负了两百万日元的巨额债务，隼人逃到了村中，成为了学校里的老师，可是隼人并不知道这是一间如此特殊的学校。                                                                      　　和隼人一起来到学校的还有名为日向向日葵（松本华奈 配音）的女孩，向日葵很小的时候遭遇了一场空难，所幸得到了一名忍者的救助才幸免于难，从此，向日葵便立志也要成为一名忍者，因此来到了能备学园之中，只是，在这里学习的女孩们都是从小时候起便开始接受忍者训练的高手，而从小过着普通生活的向日葵在这里真的没问题吗？

　　故事发生在从10年前发生了的“同时多发无气力症”的灾难中恢复的未来型新兴城市"绫风市"。相隔10年之久，高中生神乡慎与弟弟洵在绫风市遇到了担任绫风市警察署长的哥哥谅。                                        
                                   　　而这个时候，在绫风市正发生了各种各样的怪异事件。作为警察署长的神乡谅一直在追查着潜藏在这一连串怪异事件背后的神秘组织。而被卷入某件事件的神乡慎“persona”能力和形态觉醒过来。兄弟们的命运的齿轮现在开始转动……。                                         

一个被「沙海」的黄沙的海洋所包围的世界--- 四季分立的大陆漂浮于其上，在那里，被称为兽人的种族支配着人类。 浮在沙海之上的一个小港口城市里工作的青年奇利艾。 「不管世界在什么地方，以什么方式灭亡，都与我无关吧…」 看到了最近在世界范围中引起轩然大波的“世界毁灭委员会”的通缉令， 这个一直顺其自然过日子的青年也只是这样嘀咕了几句。 有一天，人类的少女莫露特出现在奇利艾的城市。她每天都过着逃亡的日子。 这是因为她正是“世界毁灭委员会”中的一员，持有着相传拥有毁灭世界力量的秘宝「破坏之核(destruct code)」的人。 在相遇后，一起行动的奇利艾和莫露特。接着，因为某个契机，小熊族的兽人酷男托皮也加入其中。 三人一同踏上了毁灭世界的旅程。追捕三人的「世界救济委员会」的纳加和莉亚，只要收了钱无论什么依赖都会达成的跑腿专家阿卡恩。还有三人在旅途中遇到的各种各样的人类和兽人们。等待这两个种族混杂的世界的究竟是毁灭，还是救赎呢。      

从人类开始开发宇宙开始进入A.C.（After Colony）纪年，在第一个宇宙殖民地L1完成后百年，地球统一政府对殖民地以武力实行高压统治。 在A.C.165宇宙住民对地球圈发起抗争，而在其中的调停者是非暴力非武装份子的希罗·維，并在各殖民地和地上展开演说推广其理想，但其在A.C.175遭到暗杀（其中一种说法为杀手是OZ前身的特务组织的成员），随后殖民地陷入混乱并遭到特务部队（后来的OZ前身）镇压。之后在地球上提倡和平主义的山克王国和其王室匹斯克拉福特家族也遭消灭。 A.C.195年强力反对地球统一政府强力支配的殖民地份子，对地球送入了五架高达，开始歼灭特务部队OZ的“流星作战”（Operation Meteor）。

　　这个星球上生活着不可思议的生物神奇宝贝。现在开始讲述少年小智和神奇宝贝们的相遇、冒险和战斗经历的故事。
　　在结束了在成都地区的旅行后 小智只带上了他最先获得的神奇宝贝——皮卡丘 来到了芳缘地方。但是在到芳缘地方的途中，皮卡丘被火箭队的攻击变得异常奇怪...
　　在AG中，小智和新加入的女主角——小遥，永远支持着小智的小刚，以及小遥的弟弟小胜，一起在芳缘地方，以及到对战开拓区旅行

U-17(アンダーセブンティーン)日本代表合宿に参加した越前リョーマだったが、合宿の規範を破ったとされ退去を命じられてしまう。 合宿所を後にしたリョーマは兄である越前リョーガの誘いでアメリカ代表として、「U-17 WORLD CUP」に参戦することを決める。 プロとなるためドイツに渡った手塚と、アメリカ代表となったリョーマが日本代表の敵となる中、「U-17 WORLD CUP」が開幕する───。