公历2061年，日本被4个世界主要经济圈分割统治、支配， 日本人作为从属国的人民，每日过着悲惨的生活。 也因各经济圈投放的人型特殊机动兵器AMAIM，使日本成为世界的最前线。 喜欢机械的少年椎叶アモウ，某日与自律思考型AI「ガイ」相遇。 以此为契机，アモウ坐上自己组装的AMAIM「ケンブ」，投身于夺回日本的战斗之中。
在美国的国际宇宙开发研究所，对开发宇宙有着无比热情的年轻研究员·冲一也自愿接受成为行星开发用改造人·代号“Super 1”的改造手术。 但是，知道Super 1存在的黑暗国家·多古马王国要求把Super 1交给他们。之后，拒绝交出Super 1的研究所被多古马派出的怪人所摧毁，存活下来的一也决心与多古马抗争到底，但现在以他自己的力量还不能变身。 一也为了学习变身的奥秘而回到日本，拜赤心寺门下，学习赤心少林拳。半年后，经过地狱般磨练的一也终于掌握了变身成Super 1的技巧，并展开了与多古马的怪人战斗。
上杉风太郎（松冈祯丞 配音）是就读于高中二年级的平凡男生，唯一的亮点就是学习方面异常的优秀，每次考试都能得到满分。上杉的家境非常的贫穷，欠下了巨额债务，为了还债，上杉不得不开始勤工俭学，受中野一家人的聘用，成为了中野家五姐妹的家庭教师。 有些腹黑的小恶魔中野一花（花泽香菜 配音）、个性傲娇厨艺绝佳的中野二乃（竹达彩奈 配音）、大大咧咧沉迷于战国时期历史的中野三玖（伊藤美来 配音）、非常擅长运动的元气少女中野四叶（佐仓绫音 配音）和个性有些要强的傲娇少女中野五月（水濑祈 配音），在这五位大小姐的包围下，上杉能够顺利完成自己的教学任务吗？
时值19世纪，在英国名门贵族凡多姆海伍家，有一位神秘、优雅、十全十美的执事，他就是“黑执事” 塞巴斯蒂安。虽然塞巴斯蒂安总是淡淡地说： “我只是一名执事罢了”，但举止、知识、品味、料理、武术等等没有任何事能难得倒他！塞巴斯蒂安的主人，是年仅12岁就位居凡多姆海伍家族的当主——夏尔。夏尔不仅只花了短短3年的时间，就让凡多姆公司成为英国最大的零食玩具制造商，更在台面下为女王执行秘密任务，因此又被称为“邪恶贵族”！塞巴斯蒂安除了负责照顾谢尔的日常生活起居之外，还得帮成事不足、败事有余的家仆们收拾善后。最重要的是，塞巴斯蒂安必须因应谢尔各种任性的要求，优雅达成不可能的任务！“身为 凡多姆海恩家的执事，怎能连这点小事也办不到？”为了主人夏尔，塞巴斯蒂安将尽心服侍、实现主人所有的愿望。
机巧魔术，那是人形使们用来操纵内藏着魔术回路的自动人形而用的魔术，拥有这种技术的最高学府是英国的沃普尔吉斯王立机巧学院，目前正举行着决定人形使之顶点“魔王”，通称为“夜会”的战斗。
如今有两个人影正走过它的大门，来自日本的留学生赤羽雷真与他的伙伴的少女型人形的夜夜，为了得到“夜会”的参加资格，雷真决定直接用决斗的方式从参加预定者那里夺取资格。
目标是次期魔王有力候补，外号是暴龙的美少女夏洛特，但是没想到在决斗途中竟然发生意想不到的插曲……
抱持着帮助他人而化身魔法少女，与此同时却必须背负着残酷的命运。在接二连三的战斗中，善良的美树沙耶加（喜多村英梨 配音）彻底耗尽自己的生命。当她的尸体被晓美焰（斋藤千和 配音）和佐仓杏子（野中蓝 配音）带回时，令她的好友鹿目圆（悠木碧 配音）感受到前所未有的悲伤与痛苦。而从丘比（加藤英美里 配音）那里听说到魔法少女的宿命之说，不禁让她受到前所未有的触动。在杏子的建议下，小圆决定救助沙耶加，而她们即将与最强的魔女之夜（水桥香织 配音）碰面。有关魔女的前途与生命，她们走上一条凶险非常的道路…… 本片为魔法少女的剧场版，分三部上映，由TV版12话重新编集而成。
