龙崎、雷欧、鲁凯等一批少年，因为在逆境商、情绪智商、智力商等各方面的能力都比常人优胜，被誉为奇博少年，故事由他们的经历展开。龙崎、雷欧、鲁凯是同班同学，也是好朋友，因为一次小误会，互不相让，不欢而散。就在他们三人势如水火之际，一个巨大危机出现了。为了化解这一危机，三人合力，分别将各自的奇博能量传递给飞爵、雷凌、蓝瑟三个机械人共同对抗困难。 他们三人为了参加“全国魔方大赛”一起努力，互相扶持，克服重重困难最终在世界级的赛场上展示自己的技术，誓要以一场公平公正的比赛，争夺魔方界的最高殊荣。
陈星乃东阳城陈家少主，父母双亡，本可在成年时继任家主之位，却被野心勃勃的代家主陈盛，设计暗害打算鸠占鹊巢。谁承想陈星大难不死，意外获得失传已久的至高功法《太古星神诀》，并学会了部分招式，强势归来，揭穿陈盛丑恶嘴脸，将其关押入牢。此事暂了，陈星未雨绸缪，仔细研究《太古星神诀》，搜罗功法所需星兽，快速成长。期间，陈星因一只星兽，救下玄阳宫宫主之女穆青岚，并在其建议下，历尽千辛拜入玄阳宫。然而刚入门，陈星就和副宗主之子剑飞空，争端不断。
在本季《超级飞侠12》中，超级飞侠依然会接收来自世界各地小朋友的电话，为小朋友定制他们需要的特别的东西，并将东西送到他们手上。当小朋友们遇到困难，乐迪会请求总部的帮助，超级飞侠将带来拥有各种属性的愿望能量球，和小朋友们一起摇身一变成为酷炫的愿望守护者，陪同小朋友一起解决问题。而上一季新登场的三位超级飞侠新成员：恐龙飞机超级飞侠大壮、速食卡车超级飞侠糯糯、高速火车超级飞侠咚咚，也会在这一季中展示他们的过人之处。而当困难升级，超级基地也会变成超级机器人，跟超级飞侠一起陪小朋友们度过难关。
