表面上过着平凡高中生活的红真九郎，实际上是经营着所谓的麻烦事务处理所的麻烦解决人。一日，同样负责解决事务的柔泽红香小姐，收到了保护神秘少女九凤院紫的任务。本不想接受任务的红香，在少女的表情之下动容，要求真九郎负责这一任务。第二天，住在真九郎寓所的紫感到不安，而真九郎不顾其感受去学校上学。结果，当他从学校回到家中，紫已经不知去向。 委托人真九郎能否完成任务？紫的真实身份又是什么？根据小说《红》改编的动画，将会对迷题一一解答。
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有一天，地球遭到了灰色外星人的袭击。 航空自卫队在外星人的攻击下束手无策，濒临覆没。拯救了航空自卫队的，是不可能存在的有着人类面孔的“传说中的生物”。 因这次事件首次意识到这种生物与人类在地球共存的国家，将他们称为“境界人”，并置于监视之下。 几年后……移民与不可思议的恐怖事件发生，某个机关在这个混乱的世界中成立了。 那就是“境界敢死队（MARGINAL SERVICE）” 这是一个专门打击“境界人”犯罪，并彻底掩盖他们的存在的机关。
木叶的战士们，挺身而出吧！这是属于我们的战斗！ 云、岩、雾、砂，保护这四大国的忍者突然下落不明。而四大国因为失去了各自所拥有的血继限界忍者，便把矛头一致指向唯一没有出事的火之国。陷入疑虑与恐惧 的各大国，不排除利用发动战争来保家卫国，但如此一来，第四次忍界大战势必会因而爆发。因此，火之国的诸侯传令给木叶村，要火影务必查出事情的真相。纲手 下定了决心：「不管要付出什么代价，都要选择能够确实保住木叶村的方法」，而在这一连串事件发生的同时，卡卡西却突然宣布要脱离木叶村。「老师为什么要抛 弃我们的村子？」卡卡西所留下的「铃铛」里，寄托着他内心的信念…。在这个各自拥护忍者的大陆，五大国藉由整顿战力来维系国与国之间的和平。然而此刻，这道「危险的和平」之墙，即将面临崩毁的命运…。
