该片讲述生活在仙灵大陆的小天，一直梦想着能和仙人的后裔一样，成为拥有灵兽的超级仙灵师。有一天，在机缘巧合之下，小天和上古灵兽玉骐麟相遇，二人成为好朋友，相约一起闯荡江湖，参加仙灵大赛。在旅途中，他们不断战斗并收服了各种各样的奇异灵兽，也认识了凤儿、龙马等仙灵师伙伴，大家为了各自的目标而努力着，而小天和玉骐麟，也渐渐发现了自己的真正使命。
一天，灰太狼与小羊来到了蕴含丰富知识的图书馆。他们在这里发现了一本百科全书和一部照相机。好奇的小羊们打开了百科全书，却发现百科全书里的内容并不完整。好学的小羊们与灰太狼决定踏出青青草原，来一场有趣的自然探险！一路上他们经过寒冷的北极，与可爱的北极熊赛跑；他们也深入到了奇幻的大海，与聪明的海豚一起玩耍；他们还跑去了草原，观赏壮观的蒲公英百花起飞；他们甚至去到炎热的非洲，与健壮的大象做朋友。通过这种外出探索、与大自然互动的方式，小羊们与灰太狼渐渐学习到了各种新奇有趣的自然科学与生活常识。原本残缺不全的百科全书，渐渐被小羊们修复完整，小羊们也在探险中学习到了丰富的知识，收获了许多珍贵的回忆与友谊。
在这一季里，超级飞侠们都升级成为了愿望守护者 。 在新的一季中，超级飞侠们将摇身一变成为勇敢的愿望守护者，他们不仅拥有酷炫的新装备，同时每个超级飞侠都拥有不同属性的能量球。 在遇到困难需要帮助时，呼叫愿望守护者，启动愿望守护者程序，超级飞侠会带着不同的能量球，启动能量球，加入愿望守护，共同解决面临的阻碍与困难。 愿望能量球可以给超级飞侠和孩子们相同的强大力量去武装来完成伟大的事情，每个愿望能量球蕴含来自于我们身边的自然世界中不同的超强能量，它们是旋风、水波、大地、钢铁、动物、闪电、火焰等能量。 愿望守护者的任务是为小朋友们排忧解难帮助小朋友们实现他们的美好愿望。
在本季《超级飞侠12》中，超级飞侠依然会接收来自世界各地小朋友的电话，为小朋友定制他们需要的特别的东西，并将东西送到他们手上。当小朋友们遇到困难，乐迪会请求总部的帮助，超级飞侠将带来拥有各种属性的愿望能量球，和小朋友们一起摇身一变成为酷炫的愿望守护者，陪同小朋友一起解决问题。而上一季新登场的三位超级飞侠新成员：恐龙飞机超级飞侠大壮、速食卡车超级飞侠糯糯、高速火车超级飞侠咚咚，也会在这一季中展示他们的过人之处。而当困难升级，超级基地也会变成超级机器人，跟超级飞侠一起陪小朋友们度过难关。
本片故事内容以单元剧为主，在每一集中，主角乐迪都会飞往世界各地不同的区域，为有需要的小朋友递送包裹，而观众将跟随乐迪穿梭于世界各地，看超级飞侠们运用各自的过人能力，帮助各个小朋友们解决困难。与此同时，本片中还会呈现世界各地的文化特色，如当地的常用语、了解当地有名的美食、独有闻名的运动项目、有趣的风俗习惯等。
