飞弹伤无（赤羽根健治 配音）表面看来是一个非常平凡的男孩子，在姐姐飞弹怜悧（衣川里佳 配音）的安排下，他进入了战略防卫学园阿塔拉克西亚学习，这里生活的女孩们都拥有着各自的魔导装甲，希望能够通过学习如何操纵它们来成为一名合格的战士。 实际上，飞弹伤无拥有着一项特殊能力，那就是通过触摸女孩们的身体来增加她们的装甲的威力。外冷内热嘴硬心软的千鸟渊爱音（影山灯 配音）、热情奔放身材傲人的优莉西亚（赤崎千夏 配音）、风纪委员姬川映流（长妻树里 配音），在学园里，飞弹伤无很快就交到了朋友。
人族领地遭到灰猿人族和猪人等亚人种入侵，战乱时代持续不断。 拉格村的少年·凯为了守护村庄，每天都在战斗中度过。在被称为“加护者”的强大力量持有者的严酷战斗中，伙伴们接连倒下，而自己却突然回忆起本不该经历的不可思议的记忆。那是比这个世界更先进的文明技术和人们生活的知识。然而，原本只是一个普通村民的凯，不久后将被卷入巨大的考验之中。在残酷的世界中，一位少年的战斗与成长的壮丽奇幻故事在此展开。
住在踯躅台的高中1年级生响裕太，某天醒来后失去了记忆。 之后，裕太与旧电脑里显现出来的“Hyper Agent·古立特”相遇了。 古立特告诉裕太“去完成使命”，而裕太则开始寻找这番话的意义以及自己的记忆。 虽然对这一突发事件感到困惑，裕太仍然在同班同学内海将以及宝多六花、新条茜等人的帮助下过着每一天。 然而，平稳的日常被突然现身的怪兽轻易地踏碎——。
如今，世界进化。 高中生柊诚一老是被欺负，某天学校全体人员突然被传送到了剑和魔法的游戏般的异世界，柊诚一偶然吃了“进化的果实”，由此开始了胜利的人生。
和他同乘一班列车的少女桂言叶（冈嶋妙 配音）让伊藤诚（平川大辅 配音）久久不能忘怀，两人看似遥远的距离被日复一日的电车生活慢慢拉近了。在青少年间有一个传说，如果把喜欢的人的照片设置成为手机背景并且3个星期不被人发现的话，就可以实现成为恋人的愿望，虽然诚并不相信，但为了抒发他对言叶的感情，他仍然照做了。诚的同桌西园寺世界（河原木志穗 配音）发现了诚的秘密，热心的她决定帮助诚达成他的愿望。但在这过程中，西园寺世界发现自己对诚的感情有了微妙的变化，看着满眼只关注着言叶的诚，西园寺世界的心情非常复杂。 诚终于向言叶坦白了自己的心情，两人相约在车站见面，然而满心欢喜来到车站的诚却发现，等待着自己的是西园寺世界。天生优柔寡断的诚无法妥善的处理这复杂的三人关系，一系列不负责任的错误选择把诚推向了无法挽回的悲剧之中。
內田一宏是名直升機飛行員的三等空尉，真正想做的事是成為可以以聲速在平流層飛行的戰士， 現實總是不如人意的，在飛行員的學習段階，他被分配到了救難飛行隊里。此小隊現駐扎在小松基地近郊 ，小隊里有嚴格的飛行員前輩和堅強的救難人員及做機械工的女準備員 ，小隊也成了多多少少有點不好習慣的隊員們的聚集之地。事實上，在救援隊隊長村上二佐的率領下此隊是日本最優秀的救援隊伍，在與原先希望不一樣的隊伍中工作的主人公面對航空事故、山岳遭難、地震等各種各樣任務的過程中發現了救援的意義。
タイトルには魔法少女とあるが魔法少女アニメではなく、魔法少女であるくるみが敵と戦う様子をただ傍観している男子中学生3人を主人公としたギャグアニメである。公式のジャンルは「魔法少女傍観系ギャグアニメ」。 アニメ本編は隔週で配信されており、本編の翌週には声優陣によるオーディオコメンタリー番組「せいぜいがんばれ！魔法少女くるみの中の人」を10分枠で配信。
