甜点转生最强甜点师降临异世界

幼时曾深陷绝望深渊的直枝理树，与4位少年少女相遇了。 在那之后数年，理树作为Little Busters的一员，喧闹地过着快乐的每一天。 这样的时间能够一直持续就好了。理树所期望的只有这样。 某日，恭介突然表示要成立一支棒球队伍， 理树则开始了寻找成员的任务。 在这样的过程中，理树邂逅了新的成员们。 和大家一起参加试胆大会，潜入女生宿舍时被换上女装，一起演人偶剧……。 经历了许多快乐的事情， 同时也在大家的帮助下解决了各自拥有的烦恼。 最后在棒球比赛中，理树确认了和最好的朋友们之间的牵绊。 ——然而，这并不是结束。 和来谷唯湖之间的故事。 理树与铃的故事。 以及，理树和铃终于知晓的“世界的秘密”。 Little Busters真正的物语，自此开始——。

　　国中毕业之后，热爱棒球的少年泽村荣纯（逢坂良太 配音）准备放弃理想，和朋友们一起在家乡的高中完成学业，然而，此时，泽村却收到了青岛高校棒球社副社长高岛礼（内山夕实 配音）的邀请，邀请他加入棒球队。要知道，青岛高校可是棒球远动员们心目中的圣地，无数前途无量的棒球选手们出自这所学校，泽村接受了这千载难逢的机遇。                                    
                               　　在球队里，泽村结识了一群志同道合的朋友们，心直口快大大咧咧的御幸一也（樱井孝宏 配音）、外表冷漠内心单纯的降谷晓（岛崎信长 配音）、身材矮小却实力强悍的小凑春市（花江夏树 配音）、看似腹黑却十分温柔的仓持洋一（浅沼晋太郎 配音），一行人为了完成称霸甲子园的梦想而不断挥洒着汗水，挑战着自我。

　　这日柯南、小兰一行人来到米花市市政大厅，一场有关最新游戏“茧”的发布会正在这里召开。由于迥异于以往任何一款游戏的“茧”可能一举改变全球游戏业界的价值观，发布会吸引了代表日本上流社会的政治、财经、演艺界人士，50名游戏体验者也多是他们的后代，新一的父亲、推理小说大师工藤优作由于参与故事编写，也来到现场。这边热热闹闹，游戏的研发者兼负责人坚村却被杀于地下室。坚村死前留在键盘J、T、R上的血迹令柯南想到答案可能在游戏中，他利用优作的关系加入了体验者队伍，小兰、灰原哀等人也拿到了体验入场券。
　　50名体验者刚分别进入一个外型酷似蚕茧的“大型胶囊”，游戏即被自称“诺亚方舟”的人工智能控制，“诺亚方舟”称游戏将提供5个完全真实的历史场景，体验者可选择其中之一进入，被淘汰会进入休眠状态，若最后无人走到终点，他们的大脑组织皆会被摧毁，此举是为令日本社会重生。柯南一行及几个骄横无礼的上流社会公子哥进入的是19世纪伦敦的贝克街，那里杀人犯开膛手杰克正在兴风作浪，他身上正有柯南要找的答案！而优作也在现实中正对案件展开调查。

本作是以解谜为题材的原创动画，Phi-Brain是指拥有黄金比大脑之人，而主人公Kaito作为Phi-Brain的候补者之一，为解开传说中的“神之谜题”而展开一场冒险。 热爱解谜的私立√（Root）学园高一学生大門Kaito，在偶然的机遇下挑战了潜藏在学园近郊地下遗迹中的“不可解之谜”，那是由神秘的智囊集团POG所制造的、招致生命危险的“贤者之谜”。被真相激怒的Kaito漂亮地攻克了贤者之谜，意外地从中获得了“Solver(解答者)”的指名。于是Kaito与青梅竹马的少女Nonoha以及其他拥有解答者身份的同伴们一起，以存在于世界各地的“贤者之谜”为舞台，与POG展开解谜对决。