幼年时，主人公直枝理树因双亲去世而陷入自闭。某日，在时常被痛苦所萦绕的少年面前出现了四个孩子——自称名为“Little Busters”的少年们：枣恭介、枣铃、井之原真人、宫泽谦吾，他们宣布由于世界面临巨大的危机，不得不借助理树的力量来对抗强敌。随即，他们来到了近处的蜜蜂巢穴，与蜜蜂们展开了搏斗，最终弄得浑身被蜇伤，又引起了火灾，召唤来了救火车和无数大人……而后孩子们被校长狠狠地训斥了一顿。但也由此，他们带领着理树走到了外面的世界。虽然理树经常被卷入他们所造成的骚动，却也渐渐忘记了自己的寂寞和伤痛。 《Little Busters》不停的尝试各种新活动，经历了许许多多成败。虽然像傻瓜一样尽做蠢事，但却过得非常快乐。理树也渴望着“这样的时光能永远延续下去就好了”。 长大后五人一同进了全宿制高中。如今已是二年级生的他们，依然过着快乐而温馨的每一天。某日，三年级的恭介提议组建棒球队。在恭介的提案下，为了凑够人数大家开始寻找队员。 随后，理树和铃在一只名为列侬的猫身上找到一张纸条，上面写着这样的讯息：请找出这个世界的秘密……
噩梦不会结束。 绝望招来毁灭，厄灾招来祸害。 在与破坏者札格纳特的战斗中，贝尔·克朗尼和琉·璃昂消失在深渊之中。 结果来到了所有冒险者都畏惧的迷宫深渊——深层。 贝尔他们伤痕累累，孤立无援，厄灾迫在眉睫。 迷宫决死之行的过程中，被五年前的悔事折磨的妖精琉·璃昂开始回忆过去的伙伴们。 另一边，出现在没有贝尔的队伍面前的是双头巨龙安菲斯比纳。 破坏的化身喷出的凶恶火焰将一切吞噬。 在失去希望和光明的迷宫中，等待着冒险者们的命运将会是什么…… 这是少年与妖精抵抗袭来的死亡，并且充满严酷的眷族物语。
当艾伦释放出巨人的终极力量时，世界的命运岌岌可危。怀着消灭所有威胁艾尔迪亚的人的强烈决心，他率领一支不可阻挡的巨人大军向马莱进击。
在死神界有留克的死神追加了讲述月亮的场面。伊出不登场。随着夜神总一郎心脏病发作的场面被删除，他在第二次基拉事件时看电视的地方也从医院的病房变成了街头。月和L的初次见面的地方变更为放映室。L想到了基拉对第二个基拉的回答。松田误入松柏集团会议室时做弥撒的地方，从工作间改到搜查本部的房间。在雷姆消失的场面中，留下雷姆笔记本的描写和月亮拾到笔记本的描写被删除，第三本笔记本的情节全部被省略，与《光环2》相连接。L的墓前，追加了日本搜查本部的成员宣誓的场面。部分干部的死因，从心脏麻痹一律改为个别死因。三堂从建筑物坠落死亡。纸村伫立在车站的铁轨上，被电车轧死。奈南川是交通事故。
以「魔女」备受景仰的城市为舞台。背负着棺材的男人与双眼有如野兽的少女在此现身，他们追寻的猎物唯有「魔女」而已。 当邪恶的「魔女」碰上飢饿的「野兽」，华丽又激烈的战斗就此揭开序幕！
和父亲之间发生问题的不良少年，冈崎朋也，在前往学校的盛满樱花的坡道上邂逅了一名少女。少女名叫古河渚。 渚对朋也说「我无论如何也登不上这个坡道」，「希望跟在你后面登上这坡道」。 朋也向她提议，既然无法登上坡道，就争取在学校发现乐趣，只要发现乐趣，就一定可以登上。受到这番话的感化，渚开始努力重建被废部的演剧部。 然后，不知不觉朋也开始和渚共同行动，渐渐被渚努力的态度所吸引……
某天，家里蹲的啃老族绪山真寻一觉醒来发现自己变成了“女孩子”！？正当真寻不知道镜子里的美少女是自己而陷入混乱的时候，跳级进入大学的科学家妹妹绪山美波里出现了。她透露在饮料里加了一种奇怪的药物！ 真寻最近2年一直疯狂宅家玩小黄游，偶尔不得已才会工作！突然成为女孩子开始生活的真寻，对于厕所、浴室、裙子、胸罩等女人的生活完全不懂…并且他和美波里中学时期的同学穗月枫和其妹妹穗月椛认识。 真寻的日常生活逐渐热闹起来。在持续的苦难中，“前”哥哥的命运会如何...！
