高中三年级的筒井光是所谓的御宅族少年。只要有游戏或动画里的二次元女生的话，感觉就能独自一人生活了……。但，他突然被超绝3D（现实）美少女·五十岚色叶告白，并开始和她交往！在被奔放的色叶玩弄于股掌之间的同时，筒井逐渐爱上了她……。
又回去魔女幼稚园的小花，为了和升上六年级的DoReMi等人一起上学，使用魔法把自己变成一位12岁女孩。但因为魔法冲击太大导致她的水晶球无法承受而全数粉碎，不过也成功的到了人类世界，并转学到美空小学六年一班，和DoReMi与小桃子同班。因为失去了原来的水晶球，为了让小花再度成为魔女，因此就需要参加魔法升级考试，而DoReMi五人则继续以见习魔女身份从旁指导小花，如果小花通过一级考试，则她们同时也会正式恢复魔女身分。故女王凿下了自己水晶球的一部分，分成5颗水晶球给DoReMi等人。最终，在大家的努力下，经过重重磨难，小花重新成为魔女，而DoReMi等人也小学毕业，向着自己的梦想前进着。
“荒耶，你在追求什么？”“真正的睿智。”“在哪里追求？”“只在自己的心里。” 1998年11月，胭条巴遇到了两仪式并被她吸引。胭条巴每晚都做噩梦，自己犯下的罪行不断重现。两仪式为了调查事件的真相，前往胭条巴的寓所，却不知道，他们不知不觉已经进了敌人的圈套——复杂的“矛盾螺旋”。 而在这一切的背后，是名为荒耶宗莲的男子。他宿命的劲敌是魔术师苍崎橙子，最强的人偶师。伽蓝堂全体出动，赌上性命的战斗即将开始。 「アラヤ、何を求める」「―――真の叡智を」「アラヤ、何処に求める」「―――ただ、己が内にのみ」その男は悠久の時を経て、万物の霊長たる人間の営みに絶望し、その最期を見届けるために、万物の始まりにして終焉である「根源」を渇望して、死の蒐集を始めた。名を荒耶宗蓮という。かつて、彼には遠い異国の学舎(まなびや)でひとりの好敵手がいた。名は蒼崎橙子。3つの原色のうち赤の称号を得た魔術師で封印指定を受けた最高位の人形師。ふたりは、いつかどこかでまみえる宿命だったのだ。その場が、皮肉にも橙子の住む町に建つ、自身も関わった螺旋の地だったのは、常に根源に至ろうとするモノを妨害すべく現れる「抑止力」のなせる技なのかは誰も知る由がなく。抑止力―――そのひとつは、霊長である人間が我が世を存続させるべく、身勝手に願う無意識の集合体。もうひとつは、人間の活動などお構いなしの、この地球が生き延びるための生存本能。果たして、そのどちらかがどう作用したかはわからぬまま、ふたつの不可解な事件が起き、無限に続くはずの日常から外れてしまった存在があった。その名は・・・。両儀の家に生まれ落ちたからこそ得てしまった力と身体を持て余す、両儀式。その肉に未知への扉を見いだす、荒耶宗蓮。彼の企みに気付く、蒼崎橙子。思わぬ事態に翻弄されながらも揺らがない想いを抱く、黒桐幹也。そして式と出逢い心惹かれる、臙条巴。彼らの遭遇は、偶然か必然か。「偶然というのは神秘の隠語だ。知り得ない法則を隠すために偶然性という言葉が駆り出される」橙子の語る言葉の通り、今、誰も知らない、けれどすでに示された路に向かい、それぞれが突き進む。
