小学生静儿、大雄、强夫和胖子技安是四个最亲密的伙伴，说是亲密伙伴，是因为他们四个经常在一起玩，但强夫和胖子技安经常欺负大雄。而大雄天生就是被人欺负的对象，他胆小内向，经常被强夫和技安欺负得大哭着跑回家。不过，大雄家里住着来自未来的机器猫——哆啦A梦，哆啦A梦经常会看到大雄被欺负忍不住拿出一些未来世界的“法宝”帮助他，不过大雄大多数都会滥用这些“法宝”去作弄人，最后经常导致局面不可收拾，笑料百出……
主角小野寺律于初中时与嵯峨政宗（后因为父母离婚的关系改名为高野政宗）在图书馆一见钟情，起因是政宗帮他拿到了高处的图书。之后小野寺律从借书处得到了政宗的姓名，并开始借阅他读过的图书、进行各种跟踪行为以加强对政宗的了解。（为了不被发现，谨慎的他在借阅图书时使用了虚假的班级和假名——织田律，这也是高野未能在小野寺律申请就职时便知道其身份的原因）。结果在苦恋三年后，小野寺律由于在图书室借同一本书时碰到嵯峨的手，不知所措之下向嵯峨前辈告白，戏剧性的两人有了一段短暂而深刻的爱恋。由于嵯峨前辈觉得小野寺律傻傻的很可爱，发出一声轻笑（其实是为了掩饰自己的害羞），使双方都误会对方，自此分手。但是冷酷的嵯峨前辈对小野寺律有着很深的爱恋，因为小野寺律一直温暖着嵯峨政宗。
公元2030的世界，改造人、生化人、机器人等等的存在已经非常普及。主人公草薙素子正是人类最高科技的结晶：只有大脑是人脑，其余身体部分皆为机械装置，外表看起来则是一名美貌兼干练的年轻女性。在这个高科技的世界里，人类通过更换身体的各个部件而达到长寿已不是新鲜事，更有许多人的大脑也已经电脑化，从而真正实现所谓的“电子化的存在”(并非“信息化的存在”)。从庞大的社会结构直至单独的个人身体，都可方便的通过网络连接，构成了一个无比复杂的信息网络：这就是本作的世界基础。 虽然人类社会的电脑化带来很多方便，但是无论构造成为身体的材料怎样变化，人类毕竟还是拥有人性，因此各种以电脑为契机的犯罪层出不穷。日本的公安九课是一个高出统治阶层的存在，它的职能就是猎捕一切有关于高级电脑类刑事犯罪者。公安九课所面对的罪犯：有时可能是政府中的高官，有时可能是偷换他人大脑的投机分子，更有可能是身边的同伴；每一次的案件，都是对人类存在的再思考，都可能给队内的每一个队员带来沉重的精神压力。
在冲绳合宿中，在由于朝阳的云隙光而达到了最高氛围值的桥上，雪村和冰室进行了理论值最高的亲吻，但由于采集的唾液量并不充足，于是决定再次测量。为拜访唾液检测的专家，一行人动身前往理工部生命科学学院。而他们面前出现的是花魁打扮配一袭白衣的艳丽女子翠雨，以及她的恋人克里斯。雪村邀请翠雨二人帮助他们一起完成“证明喜欢的实验”，却因此见识了翠雨他们压倒性的爱之气场……。
混杂于群众之中，以人类的肉为食。拥有人类的形态，却与人类不同的存在……“喰种”。 在对“喰种”进行驱逐、研究的“CCG”，曾经率领“Quinx”小组的喰种搜查官“佐佐木琲世”。他正是行踪不明的眼罩喰种“金木研”。 另一方面，在成立了新体制的“CCG”，以旧多二福为中心，不安定的行动终于表面化…… 与“金木研”有关的故事，终于迈向最终章——。
