远古巨兽，现代人类，未来科技，时空混乱的荒岛；石器时代，动力时代，电气时代，飞速发展的荒岛文明。流落无人荒岛，开局一个系统，秦天从零开始求生。遇见奇异少女；驯金雕，收狼王，退巨蟒，这座荒岛，由我做主！
数学荒岛历险记3是《荒岛历险记》数学系列的第三部作品，是一部凝合了数学科普教育与少年励志为创作主题的动画连续剧。故事承接了第一部和第二部的剧情。讲述了博士只做了3分钟“世界之王”，就立马被打回原形了。原来愿望之码一旦被激活，便可掌控自己的意愿，它告诉大家，要想获得真正的愿望，必须要比赛答题。答对1道数学题，可以实现1个3分钟的愿望，答对8道数学题，可以实现1个永久愿望。 由此，博士和罗克双方才开始真正的较量。国王、花花、依依、小强等荒岛伙伴能适应地球的新生活吗？罗克和UBIQ又会如何迎接新挑战，解除荒岛危机呢？而博士也拉拢了一个新帮手，博士经典的愚蠢阴谋功力会不会大增呢？摆脱各方控制的愿望之码，又将会有怎样令人称奇的表现？新危机，新挑战，新故事，一场全新的数学较量马上就要展开了。
光头强（谭笑 配音）和爸爸（孟雨田 配音）之间的关系一向不算太好，两人分居两地，很少有联系。这一天，光头强的爸爸突然来到狗熊岭探望自己的儿子，虽然爸爸对待光头强照顾的十分周到，但三观不合的两人之间还是很快就发生了冲突。 在父子两人又一次爆发激烈的争吵时，光头强和熊大（张伟 配音）、熊二（张秉君 配音）意外的被“缩小机”给变小了，并不知道事件真相的光头强爸爸以为儿子失踪了非常的伤心，遂选择了离开。他并不知道的是，自己在无意之中带走了缩小机。就这样，为了恢复原本的尺寸，光头强带着两头熊开始了寻父之旅，被缩小后的三人需要面对的，是平常万万想象不到的困难和麻烦。
碧落大陆上苏将军府的四小姐，一个修炼的废柴，人人得而虐之。唯独晋王南宫流云对苏落另眼相看，带她重回神殿，测定其为木火双系炼丹师，并且因为体内的龙之戒拥有几乎绝迹的空间能力。为开启空间能力，两人前往日落山脉屠龙，阴险的情敌李瑶瑶从中作梗，以身引魔兽骗取南宫的救助，又派人追杀苏落。苏落虽然得到小神龙，成功开启空间制服追杀者，但还是中了李瑶瑶的离间计，令南宫挡箭重伤，陷入灵魂紊乱的绝命境地。
