跟着墨菲家的脚步，回到那个孩子们恣意游荡，纵情畅饮啤酒，男人和电视形影不离的 1970 年代。
1989年，日本。 乔纳森·乔斯达与DIO决战后的一百年，DIO复活了。同时，乔瑟夫的孙子，空条承太郎发现自己有幽波纹（替身）能力，DIO的复活影响了没有替身抵抗能力的母亲，陷入病危情况；为了拯救命在旦夕的母亲，承太郎与乔瑟夫出发前往DIO的所在地——埃及。
四谷友助（上村祐翔 配音）是一名中学三年级的男生，在班上友助属于默默无闻的那类学生，他既不喜欢结交朋友，在课业上也平平无奇，总是独来独往。一天放学后，友助在意外中穿越到了异世界，让友助震惊的是，他在这里竟然遇见了同班同学新堂衣宇（久保田梨沙 配音）和箱崎红末（和气杏未 配音），她们一个是班级里人气极高的美少女，另一个则体弱多病，总是在病假中。然而，在这个世界里，他们三人是并肩作战的伙伴。 这并不是一个和平的世界，友助一行人要对抗的，是比他们强大的多的敌人，为了获得胜利保住性命，一切都有被利用的价值，甚至是同伴们的生命，亦可拿来作为与对手博弈的棋子。
一个被「沙海」的黄沙的海洋所包围的世界--- 四季分立的大陆漂浮于其上，在那里，被称为兽人的种族支配着人类。 浮在沙海之上的一个小港口城市里工作的青年奇利艾。 「不管世界在什么地方，以什么方式灭亡，都与我无关吧…」 看到了最近在世界范围中引起轩然大波的“世界毁灭委员会”的通缉令， 这个一直顺其自然过日子的青年也只是这样嘀咕了几句。 有一天，人类的少女莫露特出现在奇利艾的城市。她每天都过着逃亡的日子。 这是因为她正是“世界毁灭委员会”中的一员，持有着相传拥有毁灭世界力量的秘宝「破坏之核(destruct code)」的人。 在相遇后，一起行动的奇利艾和莫露特。接着，因为某个契机，小熊族的兽人酷男托皮也加入其中。 三人一同踏上了毁灭世界的旅程。追捕三人的「世界救济委员会」的纳加和莉亚，只要收了钱无论什么依赖都会达成的跑腿专家阿卡恩。还有三人在旅途中遇到的各种各样的人类和兽人们。等待这两个种族混杂的世界的究竟是毁灭，还是救赎呢。
主角华园光的学校超精英贵族学校“私立白选馆学园高校”。 在这个有点奇怪的学校中，学生们被按照成绩好坏的顺序分到A到F的各级别中。全年级成绩最优秀的7名学生会进入"Special A"（或叫作"S·A"），这些“精英中的精英”享受特别的待遇。不仅制服和别的学生不同，并且可以在被称为乐园的温室中自修温习。所以学生们都很憧憬Special A级的学生。次一级的A级的学生也只有14名，A级的学生则是进入S·A的候补人选，只要他们的成绩能够超过S·A成员的话，他们就会入选S·A（相对的，也会有S·A成员被降入A级）。
