我们仍未知道那天所看见的花的名字

　　故事发生在名为恩典农场的孤儿院内，在这里生活着很多失去了亲人，无家可归的孩子们，他们共有36人，每天，在劳作和玩耍之余，孩子们还要进行学习和测验，其中，佼佼者是名为艾玛（诸星堇 配音）的女孩和名为诺曼（内田真礼 配音）的男孩。负责管理和看护这些孩子们的女性名叫伊莎贝拉（甲斐田裕子 配音），孩子们喜欢喊她“妈妈”。每过一段时间，都会有一个孩子被收养离开农场，生活在这里的孩子们都将此作为自己的人生目标。                                    
                               　　一次偶然中，艾玛发现了隐藏在这座孤儿院背后的秘密，那些离开的孩子根本就没有被领养，而是被屠宰了，生活在恩典农场的孩子们，其实就是这座农场所饲养的“牲畜”。

故事内的世界大约与现实中的1930到40年代相当。当时飞机刚发明不久，主要在战争中使用，一般旅行大多乘坐火车。故事中的世界只有一个大陆存在，而这个大陆被中央的路妥尼河及中央山脉分隔成东西两部份。大陆东侧为洛克希昂努联邦（简称洛克榭，官方语言为洛克榭语）及西侧贝佐·伊尔拓亚联合王国（简称斯贝伊尔，官方语言为贝佐语）。两方对于「哪一边才是人类的起源」这个问题争执不下，最后诉诸于战争。虽然现在是休战状态，但仍然常有武装冲突。最近一次是世界曆3277年时发生的列司托奇岛（一座路妥尼河上的小岛）纷争。洛克榭的姓名命名方式为，姓氏在名字后面；而在斯贝伊尔则是姓氏位于名字之前。

　　本田透（堀江由衣 配音）是一名单纯善良的女子高中生。母亲过世后，无处可去的她在误打误撞之中住进了校草草摩由希（久川绫 配音）的家中。草摩由希家里有十二口人，很快，本田透就发现了他们身上的秘密。原来，草摩家族里流传着一个诅咒，那就是他们每个人都对应着十二生肖里的一种动物，另外一个，则是猫妖。                                    
                               　　个性冷淡，非常内向的草摩夹（关智一 配音）、幽默风趣的草摩紫吴（置鲇龙太郎 配音）、活泼可爱积极乐观的草摩红叶（斋藤彩夏 配音）、有着复杂过去的草摩波鸟（井上和彦 配音），在知道了这些表面开朗的人们背后隐藏的伤痛后，本田透会怎样给予治愈呢？

高中一年级学生，小牧嬉歌。不擅长的事，有许多。 喜欢做的事，唱歌。 为了追求普通人的青春，在升入高中时尝试改变形象加入轻音部，但胆小的性格导致了最终以失败收场。 在失意之中，嬉歌遇见了只用人声创作的音乐【阿卡贝拉】。只有通过重叠的声音才能彼此相连的，少女们不美好的青春就在那里。 ――不闪耀，亦青春。

　　在少年支仓孝平（小野大辅 配音）的记忆中，自己好像一直都在转学中，这样的遭遇使得孝平很难拥有一段长久且稳定的友谊。这一次，孝平转入了修智馆学院，这所全日制的寄宿学校为孝平晦暗的心情带来了新的希望，孝平决定，一定要在这所学校里交到要好的朋友。
　　很快的，热情善良的孝平身边就聚集了一群朋友们。阳光健气的千堂瑛里华（神田理江 配音），娇小害羞的东仪白（峰岸由里香 配音），沉默冷静的红瀬桐叶（鸣海绘里香 配音），这些可爱女孩子们的存在丰富了孝平的课余生活，但在交往的同时，孝平也在不经意间发现了她们的秘密，这也为他进入学生会这“狼窝”奠定了基础。