かつて、突如として現れた正体不明の敵・アンノウン。 「超進化鉄道開発機構」通称「ERDA（エルダ）」は、対抗手段として新幹線が変形するロボット「シンカリオン」を開発し、脅威に備えていた。 「何かを守れる、カッコイイ人に…僕は…」 中学2年生の大成タイセイは、2年前に失踪した姉の手がかりを求めて、進開学園中等部に転入する。 その矢先、10年ぶりにアンノウンが出現。偶然にもタイセイがシンカリオン運転士として高い適性値を持つことが判明し、闘う決断を迫られることとなる。 アンノウンの正体、そして目的は何なのか…。闘いの末に見えてきた真実とは…。 少年たちの決意と成長の物語が、今、始まる―。
2021年。アメリカ合衆国をはじめとした先進工業諸国による規制の努力もむなしく、異星人ペドラーがもたらした意識制御型汎用作業機械「エグゾフレーム」は、全世界に拡散していた。アフリカの新興国、アザニア共和国の大統領ライラ・レシャップは、誰もがタダ同然で利用可能な、この異星の汎用機械によって発展途上国の技術的独立を達成しようと、明に暗に策をめぐらす。一方、ボウマンたち海兵隊員は、アザニアの動きに対抗するため、エリア51において極秘のうちに海兵隊専用エグゾの開発を始めるのだった。
