"在浩瀚的宇宙中，经过长期岁月辗转，被秘密选召出的四个小动物，作为“迷你特工队”保护地球的和平，他们是最强战士：弗特、塞米、露西、麦克斯、以及特殊成员雷伊和新加入的成员小杰和里奥！数百年后宇宙海盗丹丹团三人组——卡拉、丹特、丹乔，在某个小行星发现了被封印的外星魔王杰诺斯，并解开封印让其重见天日。杰诺斯的力量源于生命体所散发出的负面情感（恐惧、伤心），被称作不幸能量。这伙邪恶势力筹划在地球不断制造危机，并从地球上的生命体获得不幸能量。迷你特工队为保护地球，与邪恶势力展开了激烈的战斗！"
1989年，日本。 乔纳森·乔斯达与DIO决战后的一百年，DIO复活了。同时，乔瑟夫的孙子，空条承太郎发现自己有幽波纹（替身）能力，DIO的复活影响了没有替身抵抗能力的母亲，陷入病危情况；为了拯救命在旦夕的母亲，承太郎与乔瑟夫出发前往DIO的所在地——埃及。
望月冬夜虽然死了一次，但他凭借神之力转生到异世界，与未婚妻由美娜、琳赛、艾尔赛还有八重一起充分利用智能手机，享受异世界生活。一起讨伐魔兽，妖精族的首领翎也参与其中一起寻找巴比伦博士留下的空中遗迹，开设读书咖啡馆，建立国家。最终在了解世界秘密的同时，渐渐增加的可爱未婚妻们与冬夜的冒险也走向了世界。
该作围绕第一部剧情结束十年后的世界观展开。主人公·游城十代在前往决斗学院的入学考试的途中与传说中挑战者武藤游戏戏剧性的相遇，并接受了1张卡片。但十代因此而迟到错过了考试。为此十代恳求库洛诺斯教授让他通过考试，之后就展开了挑战者之路........
在纽约的罗斯福岛上，四位女主角凯特、萝丝、克莱儿以及瑞秋她们经历了在此地发生的一连串神秘自杀事件。之后她们所就读的学校因为有学生自杀（似乎被卷入了这场神秘事件）而宣告停课，而她们四人被一只神秘的蝴蝶引导到一处奇怪的地点，而她们却被一群神秘的人物宣告“死亡”；如果她们还要继续存活下来，她们只得别无选择地逐一猎杀眼前所出现的怪物。
故事发生在名为樱才学院的私立高中。原身为女子学校的樱才学院，迫于男女比例的社会压力，将作为综合学校向社会开放。今年，学校迎来了首批男性学员入学，虽然28:524的男女比例使新入校的男生们感到分外紧张，但作为一所综合性学校，樱才高中崭新的未来开始了。 作为二十八分之一，津 田隆利（浅沼晋太郎 配音）以其各方面看来都无比普通的成绩获取了入学资格。在校园中，隆利结识了学生会会长天草筱（日笠阳子 配音），从而开始了自己的学生会生涯。书记七条天空（佐藤聪美 配音）、会计萩村铃（矢作纱友里 配音）、顾问横岛鸣子（小林优 配音）等女性陆续出现在了隆利的身边，而这些外表可爱美艳的女孩们，却都拥有着无论如何都不能用正常来概括的性格，这究竟是怎么回事？
