水星领航员第一季

　　上乃木遥（工藤晴香 配音）是一个普通的少女，从小她就拥有能看到幽灵的特殊体质。一日，一个名叫鸦（中井和哉 配音）的男子突然出现在了她的眼前，鸦告诉遥自己来自于15年后的世界，在那个时代中，世界被分割成许多的时空界，其中，最邪恶的香格里拉时空界一直妄图毁灭其他的时空界，而自己就是一直与之战斗的龙骑兵。他此次前来的目的是为了捕获可以确定未来的龙之转矩，而在现在，龙之转矩的所有者就是遥本人。
　　鸦曾经在自己的时空界里眼睁睁的看着遥死去，而现在，自己所爱的人就站在眼前，他决定背叛使命保护遥。为了得到龙之转矩，各色人等从未来穿越到现在，其中就有香格里拉时空界的佑，也被称作NOEIN，面对着两个外表相同却个性迥异的佑，遥会做出怎样的选择呢？

　　とある魔術の禁書目録たん
　　Blu-ray&DVD初回予約特典ディスクに収録のおまけアニメ。
　　原作の出版社やアニメの制作会社が同じことから『しゃくがんのシャナたん』同様、ちびキャラ化したインデックスことインデックスたんをはじめ、各登場キャラクターたちが繰り広げる公式パロディ作品である。基本的には本編のパロディだが、『しゃくがんのシャナたん』のものまね（「とある魔術の座談会2」にて、ものまねについての言及がある）や出演声優に関するネタ、さらには出演声優による地の会話などが加えられている。この他、テレビアニメのプロモーションでコラボレーションを行った『とらドラ!』や『俺の妹がこんなに可愛いわけがない』、制作会社繋がりの『探偵オペラ ミルキィホームズ』やネット上でネタになっていた二期OPや、さらには『侵略!イカ娘』『リングにかけろ』などのパロディや外伝作品『とある科学の超電磁砲』の宣伝などもネタにしている。なお、インデックスたんは後に『しゃくがんのシャナたん』への出演も果たしている。『とある魔術の禁書目録たん3』ではシャナたんと同じ声優繋がりであるアニェーゼもちびキャラ化しており、更に作中シャナたんを髣髴とさせる発言を行っている。

平凡的高中生神乐坂公人，某一天忽然被绑架到“清华院女子学校”。在那里都是各个名门的大小姐和她们的专属女仆。除了父亲之外，她们对男性一无所知，同时也完全不了解外界的情况。为了让她们习惯跟庶民一起生活，因此把公人绑架到学校。之后，公人与因为孤独一人而相信“亲吻庶民就能实现愿望”的大小姐天空桥爱佳相遇并认识，知道爱佳的烦恼后，决定与爱佳共组“庶民社”。公人在清华院女子学校的生活就此开始。

不久的未来，青少年之间开始盛行着弹珠人竞技，然而在弹珠人竞技界中有出现如此的风声：“传说有个只有被选上的稀有弹珠人参赛者才能参加的‘秘密弹珠人大赛’”。在此同时，其中一位刚接触弹珠人的玩家龙崎翔，伴随着他手上的弹珠人“神威苍龙”，想借由在这场死斗中一路过关斩将，揭露其中“秘密竞赛”的真面目......

　　"　　魔界树篇
　　自和黑暗帝国一战后，本应已死的月野兔、水野亚美、火野丽、木野真琴、爱野美奈子和地场卫，在银水晶的帮助下复活，不过他们已经丧失过去作战时的记忆，重新开始平凡的生活。某夜，神秘的大洞出现在十番街，外星人岩和安带着魔界树来到地球，并以兄妹银河星十郎、银河夏美的身份入读十番中学。岩和安的生命之源魔界树正日渐枯萎，他们于是派手下卡魔人四处收集能量。岩和安本是情侣，但却分别爱上小兔和阿卫，使四人的关系变得复杂。因为卡魔人的出现，小兔首先被露娜唤醒记忆，再次成为爱与正义的战士，保卫地球。小兔不想让其它人再度作战，努力想靠自己一人之力战斗。一次亚美等人受袭，阿兔被卡魔人卷起，露娜被逼得恢复了四战士的记忆，于是美少女战士再度集合，为爱与正义而战。虽然水手服战士的记忆是回复了，但阿卫仍未回复记忆，小兔于是出尽方法令阿卫记起她。现在战斗时已没有了夜礼服假面的帮忙，却出现了一个神秘人月影骑士，也经常帮助水手服战士。小兔的胸针被卡魔人打碎后，又把银水晶镶进去，获得了更强的月水晶威力。魔界树快要枯死了，安发现它对小兔的能量有反应，于是命卡魔人把小兔捉住，献给魔界树，使它吸收小兔的能量。小卫巧合地和小兔同被魔界树捉住，魔界树吸收他们的能量后，开始急速膨胀，它的树枝把整幢大厦包围了，四位战士也来到，要救小兔和阿卫。小兔和阿卫互相关心对方，岩和安妒忌他们的亲密，攻击二人……
　　黑月帝国篇
　　神秘少女小小兔从天而降，并用魔法使月野一家相信她是小兔的表妹，从此寄住月野家。小卫突然要和小兔分手，小兔大为紧张，用尽方法只想再和小卫在一起。小小兔的目的原来是要找寻银水晶，救她的妈妈。她同时又被神秘的黑月帝国一族追杀，她每次被逼到无路可逃时，都会发出强大的能量，战士们于是能够朝能量发出的方向去救她。五位战士再度掌握新必杀技，对抗敌人。敌人中的魔界四姐妹，分别也拥有和四战士相似的力量，常常和战士们激战。四姐妹开始对黑月帝国的做事方法产生疑惑，加上她们的上司宇伯鲁斯对待她们的残酷手段，终于令她们改邪归正，在战士们的帮助下，重获新生。神秘新战士水手冥王星登场，使战士们对小小兔有更深的认识。经过一番波折，阿卫终于摆脱心魔，再度和小兔在一起。输送黑暗能量的暗黑之门完成，小小兔也带着众战士穿越时空，到达未来的水晶东京。在那里，战士们知道了黑月帝国的野心，也得知小小兔的真正身份 -- 小兔和阿卫的女儿。小小兔独自走出水晶宫殿，被黑月帝国的瓦斯曼迷惑，错信父母和其它战士都不爱她，于是接受黑暗能量，变成黑暗淑女。黑月帝国狄曼特王子和沙菲尔王子被瓦斯曼杀死，瓦斯曼的野心完全暴露出来。在瓦斯曼的迷惑和战士们的真爱下，小小兔的思绪开始极度混乱，瓦斯曼见她动摇，把她和小兔、阿卫用黑暗力量包围起来，三人处境危险，小兔仍然想方法令小小兔醒悟.小兔和阿卫用自己全部的力量不惜生命要唤醒小小兔，小小兔最终回忆起大家的好，恢复了原样，并决定为这个世界和未来的世界尽自己的努力。最终两个兔子用现在和未来的两颗银水晶打败瓦斯曼拯救了地球。最终世界和平，小小兔也回到了恢复正常的未来世界。"

东城刃更（中村悠一 配音）是一名平凡的高中男生，一直以来和父亲过着相依为命的生活。某日，父亲突然跟他谈起了妹妹的话题，一向不按常理出牌的父亲的这一举动令刃更感到十分紧张。果不其然，父亲宣布了他再婚的消息，并且带回了两个可爱的女孩，她们现在便是刃更的妹妹了。拥有魔鬼身材，个性傲娇而又逞强的成濑澪（朝井彩加 配音），长着一张可爱脸庞却总是说出令人大跌眼镜的话语的成濑万理亚（福原香织 配音），就这样，刃更开始了和两位义妹住在同一屋檐下的生活，更要命的是，父亲竟然抛下三人独处，自己出差去了。令刃更没有想到的是，澪和万理亚的真实身份，竟然是新科魔王和梦魔，而刃更则在误打误撞之中成为了她们的主人。