为了庆祝猪猪们打败了作恶多端的风暴前线，太阳城又举办了一场热闹的英雄盛宴。但一阵突如其来的震动打破了宴会的气氛。原来是冲天城突然涌入了大量岩浆，猪猪们紧急前往地表展开救援，却因此被困在下九霄。他们决定前往地心寻找五灵元素来解决这个危机，竟在途中发现风暴前线并没有被打败。猪猪们一路与其搏斗，惊险不断也从不气馁，可黑云的登场却似乎给了他们致命一击
金阳原本是一个普通少年，有不少小毛病，但他有十分积极的心态、助人为乐的品格和不怕困难的勇气。一个偶然的机会，他参加了武当山太极学院夏令营，认识了年纪相仿的朱焰、蓝岳等人。校长静虚发给孩子们一些神奇的校徽，据说它与太极能量——元力息息相关。不料，此事被武当的千年对手影山得知。影山尊者发誓夺下武当山，派出手下不断刺探消息，骚扰攻击太极学院。金阳、蓝岳、朱焰等七位少年运用所学的知识，修炼的能量和“千年水滴”赋予的元力，与影山斗智斗勇，大家共同成长，逐步激发了内在的天赋，成为七彩“虹少年”。最终，他们和老师以及校长齐心合力，开启了真虹灵柱的能量，战胜了来犯的影山。
唐舞麟等人成功考入史莱克，以工读生的身份学习。新学期伊始，唐舞麟在班级测试赛中胜出成为了一年级一班的班长，引起班内同样是少年天才的几位同学的不满，在随之而来的一二年级对抗赛上，唐舞麟拼尽全力赢得比赛，终于得到了大家的认可。
三年前，云岚宗少宗主纳兰嫣然贸然退婚，倍感耻辱的萧炎遂与纳兰嫣然定下三年之约。为了这个约定，萧炎一直修炼不息，从魔兽山脉到塔戈尔沙漠的历练，从炼丹到吞噬异火的焚身之痛，都为证明那句话：“三十年河东，三十年河西，莫欺少年穷”。如今，萧家男儿必将迎难而上，永不退缩，萧炎的成长之路仍在继续……
秦羽飞升进入仙魔妖界，因机缘遇见了柳寒舒，在他身上看到了之前的自己，决定收他为徒教他保护自己的方法，但因为宝物星图与柳家和玉剑宗结下梁子，最终以柳寒舒的死亡拉开序幕，秦羽走上与强大对手的对抗之路，努力刻苦修炼，让自己变得更加强大，坚持自己中心的正义之道，也想守护自己在乎的人。三兄弟飞升别离，为寻好兄弟，秦羽踏上了漫漫长路，究竟小黑与侯费在何处，他们能否再次重逢。
《神兽金刚3超变星甲》是神兽金刚第三季作品。剧情延续神兽金刚2天神地兽。
