平凡的宅男高中生·矢野宗平，某日他的面前突然出现了一位开着坦克并自称为了守护鲁特中尉和哈鲁卡少尉的少女。极大程度欠缺一般常识的军人少女与被卷入这个事件的普通人宗平，描绘日常与军事要素的日常生活。
「鳴海孝之」，是白陵柊学園面临考试的高3学生，但是他和很多同类作品的主角开始时一样，每天平平凡凡（难听一点是颓废）地生活。他的朋友有死档「平慎二」，还有是该校游泳部的主力队员「速瀬水月」。「鳴海孝之」和「速瀬水月」一直是好朋友的关系…… 有一天，「鳴海孝之」与一位短发少女邂逅了，她叫「涼宮遙」。原来她一直对「鳴海孝之」抱有好感，后来在「速瀬水月」的穿针引线下，她告白成功。 他们之间的恋情如夏季的气温急升，但同时，有一个人的内心也因「鳴海孝之」而颤动，她就是「速瀬水月」。 在暑假快结束的一天，当「鳴海孝之」赶去和「涼宮遙」的约会时，在路上遇到当天生日的「速瀬水月」，「鳴海孝之」还买了一只戒指给「速瀬水月」作为生日礼物，但就是这么一留，当「鳴海孝之」赶到约会地点时，他看到的是一个倒在血泊中的短发少女…… 3年后，「鳴海孝之」成为一个侍应，而「速瀬水月」放弃了游泳成为了一位OL，两人过着半同居生活。一天，「鳴海孝之」收到一个电话，告诉了一个消息：3年前因车祸而昏迷的「涼宮遙」醒了，但是她的记忆仍停留在3年前… 一个是曾经热恋过的女孩，一个是现在的同居女友，「鳴海孝之」面临了一个影响3个人命运的交叉点…..他会何去何从呢？
西历5012年。 突向地球飞来的＜外星人＞与其制造的＜机械生命体＞， 让人类身陷灭绝的危机。为了夺回地球， ＜人造人＞的士兵反攻作战开始。 但是，在无限增殖的＜机械生命体＞的面前，战争陷入胶着。 人类派出最终兵器，新型人造人＜寄叶＞部队前往地球。 刚被派往新地球的＜2B＞与先行调查员＜9S＞会合，共同执行任务， 在执行任务期间，他们遭遇数个不可思议的现象…… 这是为人类而战，＜人造人＞们的故事——。
