就算这样，步还是靠了过来

在23世纪，一艘名为萨尔德斯号的宇宙探测采矿船正在执行一项艰巨的任务，这个任务预计需要持续整整20年。船上共有14名经过训练的船员，以及一只可爱的名叫莉莉的猫咪。在漫长的航程中，一场意想不到的危机降临了。从冬眠中苏醒的某些船员发现，一颗陨石撞击船体，随之而来的是一种不明病毒的入侵。这种病毒神秘地寄生在人类身上，具有惊人的变异能力，可使感染者以任意的形态转变，甚至变成人们想象中神话传说中的各种怪物。                                    
                               　　情势的急转直下让船员们陷入了混乱和恐惧之中。无法辨别谁已被寄生成了怪物，他们互相猜疑、争斗不休。每当黑夜降临，紧张的氛围渗透在船舱的每个角落，船员们都战战兢兢，小心翼翼。在这个紧迫的局势中，不幸的死亡事件接连发生。每一次丧命都让剩下的人更加警惕，同时也深埋了更多的猜疑和恐惧。他们开始收紧安全措施，限制彼此的交流，并加强防护措施，以尽量减少病毒的传播。

　　为了寻找外公乔瑟夫的私生子，空条承太郎（小野大辅 配音）来到了杜王町，名为东方仗助（小野友树 配音）的高中一年级男生正是空条承太郎要寻找的人，让承太郎没有想到的是，东方仗助拥有着和自己一样的“替身”能力。                                    
                               　　身材矮小但拥有强大意志力的广濑康一（梶裕贵 配音），大脑一根筋但对待朋友忠诚不二的虹村亿泰（高木涉 配音），自大而又偏执的人气漫画家岸边露伴（樱井孝宏 配音），围绕在东方仗助身边的，是这些有趣而又强大的朋友和队友们，与此同时，越来越多的替身使者亦接连浮出水面。当罪恶的魔爪伸向杜王町之时，东方仗助愿意以自己的生命为代价，保护这片他热爱的土地。

　　故事的舞台是在战争中被破坏的基地殖民地、飘荡着大量战舰的残骸的“Thunderbolt宙域”，宙域是对ZEON公国要塞“A Bao A Qu”的补给道路，为了夺回宙域，地球连邦军和ZEON公国展开了激烈的战斗。地球连邦军的伊奥·弗莱明少尉等人乘坐GM204F，潜入Thunderbolt宙域，向狙击手发起了挑战。

　　全作故事以莉莉安女子学园的传统为主轴，身为一年级新生的主角 福泽佑巳遇上了二年级的 小笠原祥子，两人在经历重重障碍后成为「姊妹」的关系。故事就围绕著学生会「山百合会」中的朋友和同学们展开。
　　而第四季的动画内容将紧接著第三季的结尾往后发展，也将忠於原作故事，另外，也确定了第二季的动画 DVD 将在 2009 年 2 月 25 日发售。
　　新加入的声优包括了 井上麻里奈、川澄绫子和 小山力也，分别饰演作品中的「内藤笙子」、「细川夕子」以及细川可南子的父亲。而原本就已有出演 鸟居江利子的声优 天生目仁美，也将担任新角有马菜菜的配音。

　　三年同班同学却没有说过一句话，这指得就是阿良良木历（神谷浩史 配音）和战场原黑仪（斋藤千和 配音）。二人虽是同班同学，但可以说没有任何交集。本以为就会这样一直下去的阿良良木历因为一次偶然接住了意外从楼梯上跌下来的黑仪。而这次意外的从天而降，让历知道了黑仪的秘密。而这个秘密牵扯到众多事情，虽然历发誓自己绝不会把这件事告诉任何人，但黑仪还是表示怀疑。而历也向黑仪透露出自己的小秘密。但这个城市并不是只有二人拥有神奇的力量。许多奇怪的生物和事情正在向二人靠拢。                                    
                               　　本剧根据日本小说家西尾维新的同名轻小说改编。《化物语》曾获得2009年“这本轻小说真厉害！”票选活动第六名。

　　萌菌物语再动画化决定，7月播放。