小新今年5岁了，不要以为他是那种懵懂无知的小孩，他其实人小鬼大，喜欢漂亮的姐姐，收养了一条棉花糖一样的流浪狗——小白，还经常讲些无厘头的黄色笑话。小新的妈妈美伢是一个全职主妇，粗心而又有点神经质的她经常被小新捉弄得七窍生烟，爸爸野原亦经常被这两母子搞得晕头转向。《蜡笔小新》的作者以一个5岁小童的眼光，40岁的成年人的心态去观察这个大千世界，看到了许多光怪陆离的景象，小新一家的幽默故事亦由此产生。
本作是以解谜为题材的原创动画，Phi-Brain是指拥有黄金比大脑之人，而主人公Kaito作为Phi-Brain的候补者之一，为解开传说中的“神之谜题”而展开一场冒险。 热爱解谜的私立√（Root）学园高一学生大門Kaito，在偶然的机遇下挑战了潜藏在学园近郊地下遗迹中的“不可解之谜”，那是由神秘的智囊集团POG所制造的、招致生命危险的“贤者之谜”。被真相激怒的Kaito漂亮地攻克了贤者之谜，意外地从中获得了“Solver(解答者)”的指名。于是Kaito与青梅竹马的少女Nonoha以及其他拥有解答者身份的同伴们一起，以存在于世界各地的“贤者之谜”为舞台，与POG展开解谜对决。
南波监狱是日本最大的监狱，建立在孤岛之上，关押的都是穷凶极恶危险万分的重刑犯。在这座监狱的漫长历史中，没有一个犯人能攻克这厚重的高墙，越狱成功。双六一（关智一 配音）是第十三监狱的看守主任，人称南波监狱的No.1，他不仅工作十分认真，就连兴趣爱好都要做到最好。 十三号监狱里关押着四名犯人——有着灰暗过去一心想要越狱的少年Jyugo（上村佑翔 配音）、风流成性只要是女人就来者不拒的Uno（柿原彻也 配音）、虽然身为美国人却对日本动漫异常狂热的Niko（小林大纪 配音）以及人生之中最重要的两件事是吃饭和睡觉的Rock（汐崎艾鲁 配音）。一直以来对自己的能力自信满满的双六一发现，自己竟然拿这不按常理出牌的四人毫无办法。
想更加出人头地！为了实现这样的理想，黑白小姐以成为卖座偶像为目标开始活动，尽管天然性格的黑白小姐总是给周围带来麻烦，但还是每日奔走于偶像业界！
小五郎应京都寺院的邀请，前往京都调查寺内八年前佛像盗窃事件。寺院早前得到佛像下落的线索，是一件有不同图案的图画，提供给小五郎，以便尽快寻回佛像。同时间，东京、大阪和京都发生杀人事件，三个城市的警方调查后，发现事件中的死者都是盗贼团“源氏萤”的成员，毎人都有一个代名，以《义经》内的传统人物命名。 服部亦因此事，前往京都调查杀人事件的真相。期间遇上柯南，两人一起调查两宗事件，发现两宗事件都有共同点，有助解开八年前佛像盗窃事件。在调查期间亦发生杀人案，服部因此而受袭，和叶亦因查找施袭者线索而被人挟持。
