友引高中2年4班的学生诸星当，堪称史上最好色的男子，虽然有青梅竹马的阿忍，但他仍然四处搭讪，为了美女命都可以不顾。 某天外星鬼族入侵地球，鬼族首领要求双方各派出一名代表，通过赛跑决定地球的命运。一向厄运缠身的阿当成了当之无愧的中彩者，鬼族则派出首领的女儿——身穿比基尼，吊眼梢，会飞会放电的小美女拉姆。这场重要的比赛最终以阿当获胜告终，而拉姆却爱上了这个不着调的对手。从此，他们的命运被紧紧联系在一起，也由此引发了一系列神奇、爆笑、感人的小故事……
在远古的时代，宇宙中存在着分别代表光明与黑暗的两个文明，正如光与影永远是相互矛盾的，两个文明也长年处于战争之中，代表黑暗的文明为了取得胜利，就制造了一种高科技的战舰，这种战舰拥有超强的作战能力及穿越时空的能力，而且，还拥有自己的思想。然而，这种战舰却会把驾驶者作为自己的食粮，以此来增强自己的力量。这种黑色的战舰就像魔鬼一样，会把敌人彻底毁灭，但同时也会吞噬驾驶员的生命。而在同一时间，为了对抗敌人的黑色战舰，代表光明的文明也创造了一艘白色战舰与黑色战舰抗衡。后来，两个文明都原因不明地消失了，而那些战舰却依然存在在宇宙的某个角落里，新时代的人为他们起了个名字——遗失之舰（LostShips） 故事发生的世界，是设定为Slayers中所称的“异世界”。故事重心围绕在“遗失之舰——飞天一号”上。而统治这个世界的魔王正是在中被消灭的异界魔王——黑暗之星。 由于将精神力变换为能量的“精神物理学”的发达，产生了超越光速技术的遥远未来。主人公凯恩在这个世界里解决着发生的各种各样的事故，这种工作称之为“TROUBLE CONTRACTOR”(麻烦终结者，简称T.C）。 凯恩（kane）的伙伴是加娜（Canal），表面上是人类，实际上是飞天一号的主电脑的立体投射映像。性格很可怕的，凯恩（kane）因为惹她生气而被扔出宇宙船（在宇宙中啊……生命啊）作为报复。 另一个伙伴是想成为“宇宙第一”的米丽（米Mill），原来米丽（mill）是个侦探，因为凯恩（kane）的关系被解雇，也成为了T.C。米丽（mill）的枪法和料理都非常好……就是料理的时候厨房会遭殃……
在某个小镇，主角冈崎朋也因为家庭的因素成为不良少年，一直与春原阳平为伍，在光坂高校过着潦倒的生活，但冀望终有一天能够离开所在的小镇。某一天，他在学校坡道前发现了一个止步不前的女孩，在朋也认识了这个名为“古河渚”的女孩后，他的生活开始有了重大的变化。 前半为主角和女主角们之间所发生的事件，后半After story为主角和古河渚，在冈崎中学毕业之后，共同生活的日子，其中还穿插了“幻想世界”，CLANNAD就是由这三个要素所组成的故事。
某个大陆的、某个时代。 大陆南北分割的战争结束了，世界逐渐走向了和平。 在战争中、作为军人而战斗的薇尔莉特·伊芙加登离开了军队，来到了大港口城市。怀抱着战场上一个对她而言比谁都重要的人告诉了她“某个话语”――。 街道上人群踊跃，有轨电车在排列着煤气灯的马路上穿梭着。薇尔莉特在街道上找到了“代写书信”的工作。那是根据委托人的想法来组织出相应语言的工作。 她直面着委托人、触碰着委托人内心深处的坦率感情。与此同时，薇尔莉特在记录书信时，那一天所告知的那句话的意思也逐渐接近了。
一部军用的机械人在无人的情况自动启动、一个名为帆场瑛一的篠原重工天才程序员自杀；谁也没想到，两起无关事件却会在将来把东京带入恐怖中。 东京各处陆续发生了一系列机械人暴走的事情，经过特车2课的调查，发现可疑之处是一套新推出的机械人操作系统：HOS，而该OS是篠原重工的作品。更为严重的是眼下大部分的机械人都已更换为此系统，所以后藤他们认为潜在的危机是十分可怕的(如果东京内的大部分机械人一起暴走，那么东京就将毁灭)。但是没有任何的证据证明机械人暴走与HOS有关，为此后藤委托松井刑事协助调查。当调查到HOS主创人员帆场时，发现他早已把自己的过去资料抹去，唯有他的住处记录还存在着。松井追随着几年来帆场所暂住的地方，却惊异的发现帆场在这几年内竟然搬过20几次家，而每当线索带着他们来到其中的某一处地方时，那里似乎都是被新时代建筑所淘汰的过去回忆，时间的脚步仿佛已经开始在慢慢倒转着。甚至松井也不禁在怀疑：难道是帆场瑛一刻意带着他来看到这些被人们遗忘的角落？他到底想告诉我们什么？ 同时，特车2课第2小队的各位并没有闲着，在繁夫的帮助下，他们似乎找到了机械人暴走的条件：当风速达到40/S时与建筑物之间产生的共鸣，会使HOS中的隐藏功能对这个现象做出反映。而他们也意识到了：东京市内可以使所有机械人同时发狂的共鸣物，就是那个“巴比伦计划”、那个高耸入云的建筑、那个代表着人类欲望与技术结晶的建筑！此时电视传来了气象预报的声音：“预计今夜风速达40/S的台风将登陆东京，请做好防范准备......”
故事发生在一个名为“弗洛尼尔德”的架空世界之中，迦雷特狮子团的公主蕾昂米修莉（小清水亚美 配音）带领着她的精锐部队大举入侵邻国比斯科迪共和国，身为共和国的公主，米希奥蕾（堀江由衣 配音）深深的为祖国的未来担忧着，无奈之下，她决心向异世界发出求救的信号，希望那里有人能够成为国家的救星。 泉真红（宫野真守 配音）只是一介平凡的日本少年，然而，正是他受到了米希奥蕾的召唤，来到了弗洛尼尔德，在这里，他结识了个性认真的艾克蕾尔（竹达彩奈 配音）、聪慧过人的利歌塔（水树奈奈 配音）和成熟稳重的尤基卡泽（阿澄佳奈 配音）等人，在和蕾昂米修莉的战斗中，泉真红和伙伴们的羁绊也在加深着。
大门大意外地遇到了亚古兽，两人见面就大打出手，亚古兽战败后称大门大 为大哥，但是数码特搜部队（DATS）不容许未受其队员管理的数码兽留存在这个世界上，必需送回数码世界，而后汤岛告诉大若加入DATS他就可以跟数码世界的强敌战斗，大因此加入DATS，与淑乃及托玛组成小组，一同解决数码事件。 托玛发现日本的数码事件频率增加并非偶然，因此请假回到欧洲调查，发现根源来自于人类的七宗罪。而比丘兽的事情让大他们知道了其幕后黑手是究极体数码兽——墨丘利兽搞的鬼，也因此决定动身前往数码世界。而在数码世界，他们见到了一个人类小孩——郁人，他自称数码兽，对人类怀有怨恨。 历经艰难以后和汤岛老人会合并见到了墨丘利兽，墨丘利兽指责人类没有遵守约定，严重干扰了数码世界的秩序，对数码兽实施残酷的杀戮，然而汤岛却一再强调人类什么事情都没有做。最后谈判破裂，汤岛一面努力制造混乱局面，一面把大一行人送回了人类世界 ，自己却留在了数码世界。回到人类世界的大家决定去见见郁人的父母。 在见到郁人的父母后，郁人拒绝承认自己人类的身份，在大的开导下，他才准备融入这个家庭，并希望回到数码世界，跟墨丘利兽告别。然而等待他们的，却是墨丘利兽的死亡，而杀死它的，就是曾经和大的父亲，郁人的父母以及汤岛、萨摩一同前往过数码世界的仓田。最后，大门大为DATS中唯一一位留在数码世界者。@yakutv.cc
经过一番艰苦鏖战，救世主战部渡（瓦塔诺）终于和伙伴们打败了多古达及其暗黑军团，创界山（左开山）再次回复原本的秀美景色。在此之后，渡回到人类世界，和朋友们过着快乐的生活。然而好景不长，多古达的弟弟多坏达入侵与创界山息息相关的南斗七星星界山，七色彩虹失去色彩，黑暗重新笼罩大地。在这危急时刻，创界山的人民重新找回渡，请求他打败多坏达军团。渡从圣龙殿女王那里得到许多有用的道具，随后和龙神丸、忍部火美子（希米格）飞往星界山，与先行前往的剑部施巴拉古大师和古拿玛会合。激烈的正邪大战再一次拉开序幕…… 本片为《魔神英雄传》系列第二部。
