顺利升入高中的少年富樫勇太（福山润 配音）在初中时代曾是暗黑系的中二病患者，当年他自称黑炎之主人，自我感觉良好地度过了无厘头的中学生活。但是此刻他“痛改前非”，将这段经历看作不堪回首的耻辱过去，为此甚至不惜报考一个离家很远没有人认识自己的高中。在新的学校，勇太如愿以偿结 交了一色诚（保志总一朗 配音）、丹生谷森夏（赤崎千夏 配音）以及学姐五月七日茴香（浅仓幸美 配音）这样稍显正常的朋友，也准备和心仪的女孩大谈一场浪漫恋爱。但是令他备为挠头的是，楼上新搬来的住户兼同班同学小鸟游六花（内田真礼 配音）却是一个中二病的深度患者。小女孩每天唧唧歪歪，怪力乱神。好不容易摆脱初中阴影的勇太，高中恋爱之梦日渐飘渺……
去和比我更强的GIRL相见——。 “多边形”？那是啥？能吃吗？就在这种曾是2D全盛期的古早格斗游戏热潮到来的1991年。 在不良、阿宅、上班族蔓延的市郊游戏中心，她凛然地坐在那里——。 通过主人公春雄描绘的“90年代街机恋爱喜剧”！
在死神界有留克的死神追加了讲述月亮的场面。伊出不登场。随着夜神总一郎心脏病发作的场面被删除，他在第二次基拉事件时看电视的地方也从医院的病房变成了街头。月和L的初次见面的地方变更为放映室。L想到了基拉对第二个基拉的回答。松田误入松柏集团会议室时做弥撒的地方，从工作间改到搜查本部的房间。在雷姆消失的场面中，留下雷姆笔记本的描写和月亮拾到笔记本的描写被删除，第三本笔记本的情节全部被省略，与《光环2》相连接。L的墓前，追加了日本搜查本部的成员宣誓的场面。部分干部的死因，从心脏麻痹一律改为个别死因。三堂从建筑物坠落死亡。纸村伫立在车站的铁轨上，被电车轧死。奈南川是交通事故。
1989年，日本。 乔纳森·乔斯达与DIO决战后的一百年，DIO复活了。同时，乔瑟夫的孙子，空条承太郎发现自己有幽波纹（替身）能力，DIO的复活影响了没有替身抵抗能力的母亲，陷入病危情况；为了拯救命在旦夕的母亲，承太郎与乔瑟夫出发前往DIO的所在地——埃及。
"本物の魔王"の死後、恐怖の時代は終わったかに 見えたが、単独で世界を変革しうる“最強”たちが 新たな脅威となった。 黄都からの独立を宣言したリチア新公国は、 この力をもって覇権国家である黄都との 全面戦争を開始。 この二つの国が引き起こした新魔王戦争は、 圧倒的な力を振るう修羅たちの激突によって、 凄惨な破滅という結末を迎えた。 しかし、世界にはまだ時代を変革しうる 逸脱の存在がある。 あらゆる能力や種族の頂点を極めた修羅たちと、 それを利用すべく謀略を巡らす者たちが 一点に集うとき、宿命と凶兆は交差し、 すべてを塵に帰す大いなる厄災が訪れる。
