1989年，日本。 乔纳森·乔斯达与DIO决战后的一百年，DIO复活了。同时，乔瑟夫的孙子，空条承太郎发现自己有幽波纹（替身）能力，DIO的复活影响了没有替身抵抗能力的母亲，陷入病危情况；为了拯救命在旦夕的母亲，承太郎与乔瑟夫出发前往DIO的所在地——埃及。
由于残忍的分尸杀人事件频发，世界各地人民陷入一片惶恐不安之中，然而元凶却是人类未曾意料到的“寄生兽”。这些寄生生物的幼虫侵入人类或动物身体后，以寄生脑部为目标，寄生完成后与脑部细胞同化，管理这个“死掉的身体”。它们能任意变形，能够迅速吸收掌握人类知识，而它们的食物便是寄生体相同的物种。 普通高中生泉新一（岛崎信长 配音）某天被一只奇怪的虫子侵入身体并吞噬了右手，自此他不得不与寄生生物“右”共存。本性正直善良的泉新一不敢将这一变故告诉家人和朋友，然而他喜欢的人村野里美（花泽香菜 配音）似乎留意到他身体的变化。为了被寄生生物杀死的亲友以及所有人类的未来，泉新一决心与其他完全体寄生兽进行殊死搏斗。
《东京食尸鬼第三季》混杂于群众之中，以人类的肉为食。拥有人类的形态，却与人类不同的存在……“喰种”。对“喰种”进行驱逐、研究的CCG，为了达成某个命题，而新设了实验体集团。 ——其名为“Quinx”。并非“正经人类”的他们，与佐佐木琲世一等搜查官一起在“东京”面对的事物究竟是——！？
