人妖共存又相争的世界，修炼术法、以斩妖除魔为己任的人们被称为妖师。国御妖师队长祁晓轩因一次意外结识了浪子虎子，二人共同踏上除魔卫道的旅途。现如今，世间已历经五百年的平静，妖魔们早已蠢蠢欲动，为他们的前路蒙上阴霾……
作品主要讲述了某天，一款掀起大热潮的VRMMORPG「YGGDRASIL」原本会停止一切服务，但即使过了结束时间，玩家也不会退出游戏，NPC也有了各自的思想。现实世界中喜爱电玩的主人公铃木悟（真名）在等待系统强制登出时，与“安兹·乌尔·恭”公会的成员意外穿越到了异世界，并且自己还变成了拥有骷髅外表的最强魔法师——“飞鼠”。就这样，真正的奇幻传说正式拉开帷幕。
4月9日《境界线上的地平线》发表会上，制作方公布作品以2季的形式制作。
居住在天空与海洋辉映的城镇“藤泽”的梓川咲太，就读高中二年级。 他与既是学姐又是恋人的樱岛麻衣所度过的令人雀跃的日常，随着初恋对象牧之原翔子的出现而改变。 不知为何，存在着“中学生”和“大人”两个翔子。 出于无奈开始和翔子住在一起的咲太，受到“大人翔子”的捉弄，和麻衣的关系也变得尴尬。 此时，“中学生翔子”身患重病的事实被发现，咲太的伤痕开始隐隐作痛——。
一部军用的机械人在无人的情况自动启动、一个名为帆场瑛一的篠原重工天才程序员自杀；谁也没想到，两起无关事件却会在将来把东京带入恐怖中。 东京各处陆续发生了一系列机械人暴走的事情，经过特车2课的调查，发现可疑之处是一套新推出的机械人操作系统：HOS，而该OS是篠原重工的作品。更为严重的是眼下大部分的机械人都已更换为此系统，所以后藤他们认为潜在的危机是十分可怕的(如果东京内的大部分机械人一起暴走，那么东京就将毁灭)。但是没有任何的证据证明机械人暴走与HOS有关，为此后藤委托松井刑事协助调查。当调查到HOS主创人员帆场时，发现他早已把自己的过去资料抹去，唯有他的住处记录还存在着。松井追随着几年来帆场所暂住的地方，却惊异的发现帆场在这几年内竟然搬过20几次家，而每当线索带着他们来到其中的某一处地方时，那里似乎都是被新时代建筑所淘汰的过去回忆，时间的脚步仿佛已经开始在慢慢倒转着。甚至松井也不禁在怀疑：难道是帆场瑛一刻意带着他来看到这些被人们遗忘的角落？他到底想告诉我们什么？ 同时，特车2课第2小队的各位并没有闲着，在繁夫的帮助下，他们似乎找到了机械人暴走的条件：当风速达到40/S时与建筑物之间产生的共鸣，会使HOS中的隐藏功能对这个现象做出反映。而他们也意识到了：东京市内可以使所有机械人同时发狂的共鸣物，就是那个“巴比伦计划”、那个高耸入云的建筑、那个代表着人类欲望与技术结晶的建筑！此时电视传来了气象预报的声音：“预计今夜风速达40/S的台风将登陆东京，请做好防范准备......”
在19世纪末与海盗船一同沉入新加坡近海的、世界上最大的蓝宝石“绀青之拳”。在当地的富豪将其回收，于舞台上展现其真容时，在滨海湾金沙酒店附近发生了杀人案。现场留下了怪盗基德沾有血迹的预告函。而在那时，为了观看在新加坡举办的空手道锦标赛，小兰和园子到访了当地。 由于没有护照所以无法出国的柯南本来应当在看家，但他被试图利用他的基德以魔术般的方法，强行带到了新加坡。若不服从对方就连回日本都做不到的柯南，眼镜、手表、衣服等全被夺走进行了变装。被没有注意到其真实身份的小兰问及名字，情急之下化名“亚瑟·平井”。 基德得到了在某个宅邸的地下金库中沉睡着蓝宝石的情报。他以为很简单就可入侵成功，但无比危险的陷阱等待着基德。挡在他面前的，是400战无败绩的最强空手道家——京极真。基德的命运是……在那之后，就如预兆着什么不祥之事一般，从新加坡的象征——鱼尾狮中喷出了被染为鲜红的水！
